«Навіть у людини який
наставив на тебе автомат,
можна цей автомат викупити »
Початок S.T.A.L.K.E.R. Чисте небо починається з того що група вчених разом з найманцем на прізвисько Шрам потрапляє під викид Зони. Шрам дивним чином виживає в цьому викиді і його знаходить загадкова угрупування «Чисте небо», яка займається вивченням Зони і всіма явищами, які в ній відбуваються.
Шрам з'ясовує, що останній викид змінив Зону. Раніше де були безпечні місця і сталкери могли ходити по цих місцях стали небезпечними. Там де не було аномалій тепер вони є. А згубні місця куди не сунувся навіть самий відчайдушний чоловік, стали навпаки безлопатева. Викид також дивно вплинув на людей в Зоні. Різні угруповання роз'єднані і стали воювати за володіння територією.
Шрам, допомагаючи бійцям угруповання «Чисте небо» на форпості знову потрапляє під несподіваний викид і виживає. В ході бесіди з Лебедєвим він з'ясовує, що постійні викиди можливо відбуваються через те що хтось в Зоні пробрався в центр подолавши вижигатель мізків. І тому Зона, намагаючись захистити себе, запускає часті викиди.
У Шрама незвичайні здібності, але з кожним викидом у нього згорає нервова система, і якщо викиди не зупинити то Шрам помре. Тому Лебедєв хоче, щоб він з'ясував хто міг пробратися в центр Зони і відправився туди за ним.
Наш сталкер Шрам вирушає на допомогу угрупованню Чисте небо, щоб усіліліть її вплив на території і допомогти проти іншого угруповання «Ренегати»
Кордон. угруповання «Вільні сталкери»
Сидорович чекає замовлення посилки від сталкерів, але у сталкерів сталася сварка з військовими, через яких повинна була пройти посилка в руки Сидоровича. Де тепер посилка він не знає і хоче щоб наш герой який працює на угруповання Чисте небо з'ясував де вона пропала і у кого вона в руках.
Шрам вирушає на зустріч зі сталкерами за насипом. Поспілкувавшись з головним сталкерів, ми дізнаємося, що вони тримають у себе в заручниках. А сварка у сталкерів з військовими сталася через командира останніх. Сталкери раніше відправляли через військових вантажі, але їх командир знахабнів і почав інформацію зливати бандитам. Ось сталкери спороли гарячку і захопили командира і тримають його в полоні.
Шрам вбиває подільників командира і той розповідає, де сховав кейс з хабаром. Після чого він повертає цей кейс Сидоровичу, а той натомість розповідає, про те що рідкісні деталі у нього шукав сталкер на прізвисько Ікло. І що Ікло відправився на звалище, шукати відсутні деталі. І нашого героя приймають в хвилі сталкери.
Звалище. Угруповання бандити.
Шрам вирушає на звалище, щоб з'ясувати. у дигерів про Ікла і що за деталі він шукає і для чого. Звалище практично вся кишить бандитами і він по шляху захоплює позиції, зміцнюючи становище вольнх сталкерів. Він знаходить мертвих дигерів і з'ясовує, що Ікло не знайшов у них все запчастини, а лише тільки деякі. Ікло відмовився платити поки вони не не знайдуть йому всі деталі. Один з дигерів Васян відправляється слідом за Іклом щоб спробувати у нього взяти у нього хоч скільки-то грошей за ті деталі які вони йому надали. Шрам вирушає слідом за ними.
Зустрівши Вася який засів на камені відбиваючись від диких собак, він з'ясовує що сталкер Ікло направляється в Темну долину.
Темна долина. Угруповання «Свобода»
Шрам вирушає в Темну долину слідом за іклом, яку контролює угруповання «Свобода». Поговоривши з членами цього угруповання на блокпосту він з'ясовує. що на території на бійців постійно хтось нападає. І якщо і був, який сталкер в їх місцях, то це можна дізнатися тільки на основній базі угруповання «Свободи».
Зустрівшись з комендантом на базі угруповання «Свобода», Шрам отримує від нього завдання вбити пси-собаку, яка заважає сталкерам і тоді він зведе його з головним, і то можливо знає, де знаходиться Ікло. Шрам знаходить КПК, в якому з'ясовується, що на бійців нападають не просто так. Виявляється, це сам комендант зливає інформацію на угруповання і на тих здійснюються напади. Ватажок угруповання Чехов обіцяє розповісти про Ікла, якщо ми знайдемо цього коменданта.
Після того як комендант був узятий Чехов розповів Шраму про те що хакнул частоту Ікла і тепер може стежити за ним. І пішов Ікло на звалище і тепер за ним можна стежити за його частоті.
Чехов просить, щоб Шрам допоміг знайти місце, звідки найманці, які працювали на коменданта, приходили в долину. Для це потрібно захопити дві антени за допомогою яких можна провести розвідку ландшафту і знайти точку входу. і разом із загоном «Свободи» ми захопимо ці антени і зруйнуємо тунель.
Повернувшись на звалище Шрама, грабують і забирають все його гроші і речі. Прокинувшись, він знаходить КПК Ікла, і з'ясують, що в центр Зони дійсно була група сталкерів. Щоб з'ясувати їхні плани Шрам вирушає на пошуки схованки цих сталкерів.
Угруповання «Долг». Територія НДІ Агропром.
Шрам направляється на іншу територію під контролем угруповання «Долг». Щоб знайти схованку сталкерів йому треба спуститися в підземку «НДІ Агропром». Лідер угруповання обіцяє допомогти йому, якщо той допоможе затопити печери, звідки постійно лізуть мутанти.
Знайшовши схованку Ікла з'ясовується, що група сталкерів на чолі із Стрільцем і правда була в центрі Зони і знову туди збирається. Щоб з'ясувати як вони це зробили, наш найманець відправляється до професора Сахарову за роз'ясненнями.
Завод Янтар. База вчених.
Професор Сахаров розповів, що до нього приходив сталкер Стрілець і хотів отримати тільки що нове розроблене, але не налаштоване пристрій від захисту пси-випромінювання. Стрілець взяв один такий пристрій, щоб перевірити його в польових умови і відправився на територію заводу. Більше професор його не бачив.
На території заводу постійно відбуваються нерегульовані сплески пси-випромінювання, тому йти туди небезпечно, можна в будь-який момент загинути. Також він розповів про те, що група сталкерів встигла повідомити по рації, що знайшла якусь технічну документацію на території заводу, яка може пояснити причину і властивості пси-випромінювання. Але цю групу накрив сплеск пси-випромінювання і вони всі загинули.
Шрам вирушає на пошуки зниклої групи сталкерів і технічної документації. Вся група виявилася загиблої. Сахаров після вивчення цієї документації з'ясував, що можна позбутися від пси-випромінювання, якщо на заводі перезапустити охолоджувальну установку. Наш герой разом з групою вільних сталкерів відправляється на завод повних зомбі. Перезапустивши охолоджувальну систему, професор Сахаров повідомляє, що він зловив сигнал Ікла і що той відправляється в сторону Рудого лісу.
Наздоганяючи Стрілка щоб зупинити його і не пускати в центр Зони. Він потрапляє в засідку, а сам Стрілець відривається від погоні. Сталкер рушив у бік вижигателя, але туди не можна пройти без прототипу вчених. Єдина можливість наздогнати Стрілка це пройти через Лиманск. В сторону міста веде тунель, він відразу за мостом. Опустити міст можна тільки з іншого боку, але ту сторону контролюють бандити.
Знайти спосіб, як пробратися в місто може тільки Лісник. Він може знайти безпечну стежку туди. Тепер Шраму треба знайти халупу Лісника. Шрам ловить сигнал SOS і, слідуючи йому, знаходить сталкерів у яких з'ясовує, що в глибині лісу є просторова аномалія, яка веде до Лісники.
Знайшовши просторову аномалію яка знаходиться прямо над занедбаним танком, Шрам зустрічається з Лісником і той розповідає про те, що доріжку до Лиманське можна знайти. Але колись потрібно знайти групу сталкерів, які, десь застрягли і від них постійно йдуть радіосигнал із закликом про допомогу. Толком ніхто не може розчути про що сталкери намагаються повідомити так як сигнал дуже слабкий. Якщо звільнити сталкерів, то вони зможуть напасти на бандитів з тилу, які захопили міст і звільнити його.
Піднявшись на вишку Шрам чує сигнал від сталкерів, в якому вони повідомляють що застрягли в одному місці, куди не підеш все на одному місці простір замкнулося.
Щоб визволити сталкерів які зестрялі, Лісник запропонував використовувати артефакт який він недавно знайшов і завдяки йому вибрався з точно такою ж аномалії в якій зараз сталкери. Назвав він цей артефакт «Компас». Але у нього цей артефакт відібрали бандити.
Після того як Шрам відбив артефакт, він відправився разом з угрупованням «Свобода» на захоплення військової бази, щоб передати сталкерам в аномалії інструкції як вибратися з неї.
Зустрівшись разом із загоном «Чисте небо», Шрам весті з ними і вивільненими сталкерамі відбиває міст у бандитів. Шрам разом з групою вирушає на розвідку в місто.
Кінцівка S.T.A.L.K.E.R. Чисте небо
Шрам разом з угрупованням «Чисте небо» пробирається через Лиманск і знищує захист Стрілка від пси-випромінювання. Після чого відбувається викид і далі показують як багато сталкерів лежать в приміщенні без свідомості і показують Шрама і татуювання на руці S.T.A.L.K.E.R.