Спочатку на конклаві за кандидатуру Олександра з 23 кардиналів висловилося всього 7. Тоді, за звичаєм того часу, пішов в хід підкуп (симонія). Одному з кандидатів, Асканио Сфорца, були обіцяні бенефіції, прибуткове місце єпископа Ерла і місто Непі. Після цього Сфорца зняв свою кандидатуру і став агітувати за Борджіа. Кардиналу Орсіні пообіцяли Монтичелли і Соріано, а також пости єпископа Картахени і легата при імператорі. Абатство Субіако з його величезними земельними володіннями було гарантовано кардиналу Колоні. Таким чином Борджіа заручився 14 голосами в свою підтримку, що забезпечило його обрання.
італійські війни
Партію супротивників нового понтифіка при папському дворі очолив кардинал делла Ровере (майбутній папа Юлій II). Побоюючись фізичного усунення, він втік до Франції до двору короля Карла VIII, який готувався рушити свою армію на завоювання Неаполітанського королівства. Під впливом делла Ровере король пригрозив татові Борджіа зміщенням і проведенням релігійної реформи.
Поява французьких полчищ в Італії і їх рух на південь переполошило правителів Мілана і Венеціанську республіку. Олександр VI в цей час був зайнятий приготуваннями до війни з турками, але з огляду на французького вторгнення змінив свої плани і навіть запропонував султанові Баязиду II укласти альянс проти французів. Він помирився з неаполітанської династією Трастамара, і цей союз був скріплений двома династичними шлюбами. До «священної лізі» государів, спрямованої проти Франції, приєднався і імператор Максиміліан.
Дипломатична активність дозволила на час нейтралізувати загрозу французької гегемонії в Італії. Коли на початку 1495 р Олександр удостоїв Карла VIII особистої аудієнції, французький король приніс йому запевнення в своїй вірності. Папа підтримував добрі стосунки з його наступником Людовиком XII і в знак своєї прихильності одружив свого сина Чезаре на французькій принцесі.
розбещеність
Крім династичних шлюбів, потужним політичним інструментом в руках Олександра була роздача кардинальських шапок. За час його понтифікату було призначено 47 нових кардиналів, і кожне призначення мало свою політичну підоснову. Його син Чезаре і Алессандро Фарнезе, брат папської коханки Джулії, стали кардиналами ще в підлітковому віці. При папському дворі панували розпущене звичаї. Європа повнилася чутками про кровозмісної зв'язку понтифіка з власною дочкою Лукрецией і про те, що він позбавляється від особистих ворогів за допомогою отрути.
Широко відома ворожнеча Олександра VI з Савонарола, викривали його порочність і зловживання. Папа намагався залучити проповідника на свою сторону, запропонувавши йому спочатку архієпископство у Флоренції, потім - посаду кардинала. Однак Савонарола залишався непримиренним опонентом. У 1497 році Олександр VI відділив монастир Святого Марка від провінції домініканського ордена і підпорядкував його римській провінції. Савонарола не підкорився, і папа відлучив його від церкви. 23 травня 1498 р при величезному скупченні народу Джироламо Савонарола був повішений, а потім тіло його спалено.
централізація влади
Політичні амбіції Ватикану традиційно обмежувало ту обставину, що на північ від Папської області були розсипані комуни, де-факто керовані незалежними князьками з місцевих феодальних родів начебто Монтефельтро, Малатеста і Бентівольо. Папа Олександр VI відправив свого сина Чезаре на завоювання цих міст. Чергуючи облоги з політичними вбивствами, Чезаре і Олександр за кілька років об'єднали під своєю владою всю Умбрію, Емілію і Романью.
У самому Римі папа розгромив олігархічні клани Колона і Орсіні, які за століття зібрали в своїх руках величезні багатства і традиційно користувалися великим впливом на городян. Конфісковані у них землі були роздані родичам і союзникам тата.
Оскільки централізація влади в руках Борджіа була чревата невдоволенням усередині Італії, тато спробував спертися на іспанських монархів, яким дарував титул католицьких королів. 4 травня 1493 він видав буллу «Inter caetera», визнавала за королями Іспанії і Португалії право на володіння землями, відкритими в морських походах, і яка затверджувала угоду про розподіл світу між ними.
меценатство
Відразу після обрання папа подбав про Рим і відновив постарілий замок св. Ангела. Зміцнивши квартал Тор-ді-Нона, він захистив місто від нападів з моря. Олександра VI можна вважати засновником Леограда - житлової частини Ватикану. У 1500 році він з усією можливістю пишністю справив 1500-річний ювілей народження Христа.
Олександр VI широко відомий як меценат, любитель мистецтв. За його ініціативи були виконані багато архітектурні роботи. За його замовленнями працювали Перуджіно і Донато Браманте. Одним з проектів тата Борджіа була розпис собору Санта Марія Маджоре. Папа був покровителем римському університету, підтримував професорів.
Ще за життя Олександр VI був затаврований як «чудовисько розпусти» - нібито співмешканець власної дочки, яка народила йому сина. Недоброзичливці створили йому репутацію маніакального отруйника, «аптекаря сатани». У Новітній час робилися спроби списати ці відгуки на невдоволення його об'єднавчої політикою, що виходив, в першу чергу, від італійської еліти кватроченто. Проте навіть сучасникам здавалися непристойними його погоня за особистою вигодою і всепоглинаюче бажання возвеличити своїх найближчих родичів за рахунок старої аристократії. Офіційною історією католицької церкви він характеризується як найпохмуріша фігура папства, а його понтифікат називають «нещастям для церкви».
Олександр VI мав численне позашлюбне потомство. Ще під час перебування кардиналом він в своєму палаці жив разом з безліччю жінок, найбільш відома Ваноцца деї Каттані, від якої мав трьох синів і дочку. Інша відома кохана - Джулія Фарнезе.
- від невідомих матерів
- син П'єтро Луїджі (1462-1488), 1-й герцог Гандія
- дочка Джироламо (1469-1483)
- дочка Ізабелла (1471-1547)
- від Ваноцці деї Каттані
- син Джованні (1474-1497), 2-й герцог Гандія, герцог Сесса
- син Чезаре (1475-1507), герцог Романьї і Валентінуа
- дочка Лукреція (1480-1519), герцогиня Пезаро, княгиня Салерно.
- син Джоффрі (1481 / 82-1516 / 1517), князь скуїллаче
- від Джулії Фарнезе, зі слів самої Джулії
- дочка Лаура (1492-1505 / 08)