Користувач Windows за замовчуванням є адміністратором системи, і програма, запущена таким користувачем, має повний доступ до всіх системних ресурсів. Однак при грамотній настройці, права користувача можна налаштувати таким чином, щоб зробити зараження практично неможливим, навіть без використання антивірусів.
Звичайно ж, в Linux-дистрибутивах користувач також може запустити програму, яка містить деструктивний код (вірус). Однак така програма зможе нашкодити лише файлів користувача, але не зможе проникнути в системні розділи, а значить заразити інші програми і забезпечити собі самовідтворення. Хоча найчастіше шкідливий код для Linux використовується не для заподіяно шкоду комп'ютеру, а для атак на web-сервера.
Ну і, звичайно ж, важливим фактором можна вважати те, що користувачі Linux, як правило, є куди більш досвідченими. Людина, що зуміла самостійно розібратися навіть в найпростішому дистрибутиві Linux, швидше за все, має хороший досвід роботи з Windows, що дозволяє йому налаштувати і використовувати її таким чином, щоб звести до мінімуму ризик зараження вірусом.
Брандмауер Windows не може потягатися з вбудованим файерволом Linux в надійності. Хоча б тому, що будь-яка програма може сама вирішити, додати чи себе в виключення або не треба. Файервол Linux має багато можливостей налаштування, крім того, втрутитися в них можна тільки маючи root-привілеї.
Для хакерів линукс представляє інтерес, перш за все, як популярна серверна ОС, тому комп'ютери пересічних користувачів зламуються досить рідко. І все ж зламуються, як вручну, так і використанням спеціальних сканерів, що знаходять відкриті порти протоколу SSH, що дозволяє в разі підбору пароля отримати повний доступ до комп'ютера.
Існують, звичайно ж, і самі звичайні віруси. Заразитися таким вірусом непросто, адже для його активації потрібно ввести пароль. Тут весь розрахунок ведеться на наївність користувача, який повірить, що встановлює корисну програму, а запит root-привілеїв потрібен для справи.