Одним з головних умов ефективної роботи санаторно-курортних установ є його спеціалізація. Санаторії Республіки Башкортостан спеціалізуються як багатопрофільні лікувально-профілактичні установи, що дозволяє їм проводити відновне лікування при самих різних хронічних неінфекційних захворюваннях (опорно-рухового апарату, органів дихання і травлення, шкіри, серцево-судинної, нервової та сечостатевої систем). Крім того, на базі санаторіїв «Зелений гай» та «Юматово» функціонують відділення доліковування хворих, які перенесли інфаркт міокарда, операції на серці і шлунково-кишковому тракті, гострі порушення мозкового кровообігу.
Основними природними лікувальними факторами санаторіїв РБ, які використовуються в комплексі з кліматотерапією, лікувальним харчуванням, фітотерапією, апаратною фізіотерапією, Кумисолеченіе і т.д. є джерела мінеральних вод, лікувальні грязі, унікальні за своєю природою пари і гази гори Янга-Тау.
Державна підтримка санаторно-курортного комплексу Башкирії дозволила підняти рівень оснащеності здравниць медичним і діагностичним обладнанням, об'єктами відновного і профілактичного обслуговування, а також господарського призначення. Одночасно, діяльність кожного санаторно-курортного закладу спрямована на позиціонування певної спеціалізації з урахуванням бальнеологічних природних факторів, географічного розташування, спеціалізації персоналу та ситуації, що репутації санаторію, що не маловажно.
Найбільш часто відновне лікування в санаторіях Республіки Башкортостан отримують пацієнти із захворюваннями кістково-м'язової системи та сполучної тканини (близько 40% від загального числа оздоровлених). При цьому максимальне число хворих із захворюваннями опорно-рухового апарату лікувалося в санаторії «Янга-Тау», складаючи щорічно від 69,6% до 82,1%. Значну питому вагу пацієнти з даною групою захворювань складали і в санаторіях «аси» - в середньому 66,3%, «Якти-Куль» - 61,2%, «Карагай» - 55,1%, «Красноусольск» - 34,4 % і «Танип».
Таким чином, частка пацієнтів із захворюваннями кістково-м'язової системи та сполучної тканини була переважної. Однак дана ситуація не призвела до конкуренції між санаторіями, внаслідок вузької спеціалізації кожного з них по нозології захворювань в межах вищезазначеної групи і проведення диференційованого лікування відповідно наявними природним факторам і за розробленими кожним з них лікувальних програм.
Хвороби системи кровообігу за кількістю пацієнтів посідали друге місце, складаючи в середньому 17,8% від числа оздоровлених. Безперечним лідером за кількістю оздоровлених осіб з хворобами системи кровообігу є санаторій «Зелений гай», де такі пацієнти щорічно складають 62,4-74,6% від загального їх числа. Вузька спеціалізація даного санаторію обумовлена лікувальної та діагностичної бази, а також наявністю кардіореабілітаційному відділення для осіб, які перенесли гострий інфаркт міокарда і операції на серці.
Досить висока частка пацієнтів з хворобами системи кровообігу і в санаторії «аси» (10,5%). В інших здравницях питома вага таких пацієнтів не перевищує 5% від щорічного числа оздоровлених.
До третьої групи захворювань, з приводу яких найбільш часто зверталися пацієнти для отримання санаторно-курортного лікування, були хвороби органів травлення (15,9%).
Базовим санаторієм для лікування хворих з патологією органів травлення є «Красноусольск», де такі пацієнти становлять в середньому 43,2% від загального числа оздоровлених. Далі йдуть санаторії «Юматово» (27,8%), «аси» (10,5%) і «Танип».
Щорічно, відповідно до динаміки загальної та первинної захворюваності по нашій республіці, збільшувалося число пацієнтів з хворобами органів дихання. На оздоровленні даного контингенту пацієнтів спеціалізуються санаторії «Юматово» (24,4%), «Карагай» (13,4%), «Талкас».
Пацієнти із захворюваннями сечостатевої системи брали лікування переважно в санаторіях «Якти-Куль» і «Янга-Тау» з використанням відомих лікувальних факторів (грязей, термальних парів і газів).
Слід зазначити, що частка пацієнтів, виписаних з поліпшенням стану після санаторно-курортного лікування, становить не менше 95%, а по ряду позицій навіть 100%.
Вузька спеціалізація санаторію «Янга-Тау» дозволила досягти високих результатів в лікуванні захворювань опорно-рухового апарату, нирок і сечовивідних шляхів; санаторію «аси» і «Талкас» - шкірних захворювань; «Зелений гай» - захворювань серцево-судинної системи; «Карагай», «Танип» - периферичної нервової системи; «Красноусольск» - органів травлення; «Юматово» - органів дихання; «Якти-Куль» - гінекологічних захворювань.
В останні роки в санаторіях РБ в структурі оздоровлених неухильно збільшується число практично здорових осіб, які віддають перевагу відпочинку в оздоровницях, в тому числі у вихідні та святкові дні, завдяки впровадженню спеціально розроблених програм відновного лікування, створеним комфортних умов розміщення, широкої сфері послуг санаторієм сервісних послуг.