У 1943 році Гнесина домагається відновлення будівництва. Будівництво доводилося вести з великими труднощами - йшла війна, не виділялися робочі, матеріали, фінансові кошти. Зі створенням в 1944 році Інституту (ГМПІ) імені Гнесіних і запланованим відкриттям Спеціальної музичної школи-десятирічки виник «Гнєсінський комбінат», що складається з чотирьох навчальних закладів усіх ступенів музичної освіти. Будівля була терміново необхідно. Директор - Їв. Ф. Гнесина - безперервно зверталася з клопотаннями з приводу будівництва (тільки В. М. Молотову вона писала не менше семи разів). Темпи його весь час сповільнювалися, і Гнесіної доводилося докладати величезних зусиль для прискорення будівництва. У зв'язку з цим було прийнято рішення розбити будівництво на три черги. Останньою якраз і був Концертний зал, і його будівництво відклали. У 1946 році основна частина будівлі (перша черга) була закінчена. Інститут і весь «музичний комбінат» стрімко росли. З'явилося багато великих навчальних колективів - хори, оркестри, проходили спектаклі оперного класу. Постійно погіршувалася проблема занять колективів, а на кожен концерт доводилося орендувати зали (адже в Інституті був тільки Малий зал). Відсутність свого залу істотно гальмувало всю роботу навчальних закладів.
У 1954 році, скориставшись відповідною ситуацією (нагородження орденом Леніна в зв'язку з 80-річчям) Ел. Ф. Гнесина відновлює активні спроби домогтися будівництва залу. Вона звертається до тодішнього глави уряду Г. М. Малєнкова, потім до інших начальникам (Голові Мосгорисполкома) з наполегливими проханнями. В результаті, в 1956 році відбувається закладка нового залу. Після того, як приступили до будівництва, первісний проект його інтер'єру був змінений за наполяганням великого фахівця з акустики професора С. П. Алексєєва. Будівництво просувалося все ж недостатньо швидко, і допомога будівельникам постійно надавали студенти, педагоги і співробітники Інституту. Влаштовувалися «суботники» - це відбувалося особливо активно на заключній стадії будівництва. Їв. Ф. Гнесина стежила за всім будівництвом - сама вибирала матеріали (так, вона кілька разів відмовлялася від запропонованих варіантів великої люстри і зажадала установки крісел з найкращих сортів карельської берези). Всю роботу направляв директор Інституту Ю. В. Муромцев. В газетах широко висвітлювалося відкриття нового залу в Москві.
На урочистому концерті, присвяченому відкриттю залу, виступали багато знаменитих виконавці-гнесінци, в тому числі Лев Оборін. Симфонічний оркестр студентів інституту під керівництвом О. М. Агаркова виконав спеціально написану «Урочисту увертюру» композитора Ф. Е. Вітачека.
Після цього відбулися ще кілька урочистих концертів. Одним з них диригував Євген Светланов - були виконані три фортепіанні концерти Рахманінова.
Майже з самого початку існування залу тут стали проходити студентські оперні спектаклі. Першим з них був «Дон Жуан» Моцарта. Сцена залу давала можливість повноцінного сценічного рішення вистави - з декораціями і повноцінним оркестровим супроводом. Підсумком роботи з підготовки вистав і оперних уривків зі студентами стало створення Оперної студії Інституту. Вона відкрилася в 1976 році оперою «Весілля Фігаро» Моцарта (в 1978 році студія отримала офіційний статус) і стала давати регулярні спектаклі протягом усього сезону.
Незмінним керівником студії є Ю. А. Сперанський: завдяки його ентузіазму вона швидко перетворилася на справжній театр, завоювала велику популярність, стала проводити численні просвітницькі цикли для дітей. За роки роботи Оперного театру-студії було підготовлено 30 прем'єр.
Педагоги Інституту відразу ж розробили цикли концертів і абонементів, причому особливе значення надавалося просвітницьким концертам. У таких тематичних концертах (і концертних циклах) виступали зі вступним словом музикознавці. У перші роки безпосередньо поруч із залом (на третьому поверсі) був обладнаний лекторій, в якому перед початком концертів абонементних циклів перед слухачами виступав музикознавець з невеликою лекцією, присвяченій майбутній програмі. У залі щорічно проходило до 20 подібних абонементних циклів, де виступали викладачі та студенти вузу.
Крім концертів, організованих силами гнесінцев (нерідко запрошувалися і музиканти-гості), з самого початку зал використовувався і іншими організаціями. Дві концертні організації, за радянських часів колишні «монопольними» в Москві, - Московська філармонія і Москонцерт - постійно проводили і камерні, і симфонічні, і хорові концерти в Гнесинському залі.
Особливо привабливим виявився зал для музичних шкіл Москви. Можливість виступати і оркестровим, і хоровим колективам, і солістам на великій сцені використовувалася практично всіма музичними навчальними закладами Москви - і не тільки Москви. Для багатьох головним звітним концертом року (а то і ювілейного - до круглої дати) був саме концерт в Гнесинському концертному залі. Звичайно, особливо часто тут виступали Гнесинського школи (традиція, що мала місце до середини 1970-х років, знову відновлюється на початку XXI століття - це спільні концерти всіх представників Гнесинського комплексу).