За перший уїк-енд прокату в США даний сиквел зібрав понад 100 млн дол. [1]
1957 рік. розпал Холодної війни. Після подій першого фільму проходить 21 рік (1936 рік). Група радянських військових, очолювана наукового-фанатичкою Іриною Спалько, направляються на секретну базу-сховище, розташовану в пустелі штату Невада, в «Зоні 51», недалеко від якої Індіана Джонс і його друг Мак проводили археологічні дослідження. Увірвавшись на базу, Ірина змушує Джонса знайти там якісь муміфіковані останки, адже він колись входив до групи вчених, що займалися вивченням катастрофи незвичайного літального апарату, що сталася за 10 років до описуваних подій в Розуеллі. Нью-Мексико (1947 рік). Сам Джонс, правда, не зовсім розуміє природу баченого їм одного разу артефакту і його значимість, однак під дулом дюжини автоматів, використовуючи магнітні властивості дробу, витягнутої з патронів (артефакт володіє сильним магнетизмом), він знаходить шуканий ящик.
Поки Спалько і її люди захоплено досліджують знайдений саркофаг з тілом, що випромінюють вражаючий магнітний імпульс, Джонс приходить до висновку, що пора тікати. В ході втечі Джонсу доведеться зіткнутися зі зрадою Мака, який, як виявилося, працює на Спалько, і дивом вціліти під час ядерних випробувань. проводилися на полігоні неподалік, сховавшись в холодильнику зі свинцевою обшивкою.
Індіана несподівано опиняється під жорстким пресом ФБР. підозрюють професора археології, героя кількох воєн, колишнього агента розвідки Генрі Джонса-молодшого в шпигунстві на користь Радянського Союзу. Підозри ці виявляються настільки серйозними, що Джонсу, який повернувся було до викладацької роботи, доводиться покинути Маршалл Коледж, де він пропрацював понад 25 років, щоб уникнути ганебного звільнення.
На зйомках фільму
Індіана і Метт відправляються в Перу, де в одному з міст, розташованому на знаменитих Геогліф Наски знаходять сліди Окса. Як їм стає відомо, Окса в напівбожевільним стані підібрали черниці, що опікуються місцевого притулку для душевнохворих. Однак через деякий час якісь люди прийшли і забрали Окслі з притулку. Оглядаючи камеру, де утримувався Окслі, Джонс і Метт виявляють безліч написів «повернення» і кілька малюнків черепа з величезними очницями і химерної витягнутої формою - саме таку форму стародавні Наска штучним чином надавали своїм головам, з дитинства стискаючи черепну коробку мотузками. Таким чином люди цивілізації Наска хотіли стати схожими на богів. Під шаром ж пилу і піску на підлозі камери професор Джонс виявляє ще карту, яка приведе його і Метта до усипальниці Франсиско де Орельяна. сподвижника Франсиско Піссарро. який відправився колись на пошуки Ельдорадо і, як вважалося до цього моменту, пропав без сліду зі своїми супутниками в джунглях Амазонки.
Вражений знахідкою, Індіана, проте, змушений визнати, що першим виявив гробницю саме Окслі, і більш того, він примудрився побувати там навіть двічі, проте незрозуміло з якою метою. Відповідь знаходиться поруч з мумією де Орельяна - професор Джонс виявляє кришталевий череп витягнутої форми. Унікальна знахідка явно нерукотворна, до того ж володіє дивними властивостями - наприклад, досить сильним магнітним випромінюванням. Згадавши про написи «повернення» в камері Окслі, Індіана приходить до висновку, що Окс забирав череп, але через деякий час повернув його на місце.
Джонс вирішує все-таки забрати з собою таємничу знахідку, але на виході з гробниці де Орельяна його і Метта чекали зрадник Мак і радянські військові. Незабаром Джонс, перепроваджений з Меттом в табір російських, розбитий в джунглях, знову стикається з Спалько. Ірина демонструє Джонсу тіло істоти, що має, на її думку, позаземне походження - це ті самі останки, які Джонс зовсім недавно допоміг відшукати на секретному складі. З тіла витягнутий скелет, і Ірина вважає, що цей скелет був кришталевим. Агент Спалько одержима всім паранормальних, вона впевнена, що істоти, які побудували 7 тисяч років тому таємничий Акатор, використовуючи при цьому технології, що з'явилися значно пізніше, мають позаземне походження. Однак Ірина шукає Акатор-Ельдорадо не заради золота, а заради таємного знання цих істот, яке приховано в головному храмі. За легендою той, хто поверне кришталевий череп в святилище - знайде величезну владу.
В руках у Ірини знаходиться не тільки Джонс і Метт, але і зниклий Окслі. Але Окс дійсно божевільний після тривалого спілкування з кришталевим черепом, і агент Спалько намір використовувати Джонса, щоб випитати частково у «старовини Окса», частково у черепа, який говорить лише з обраними, як знайти дорогу до Акатору. Однак у агента Спалько є й інший аргумент - це Меріон Рейвенвуд. Меріон - жінка, яку колись дуже сильно любив Індіана, жінка, яка супроводжувала його в пошуках Ковчега більше 20 років тому, що опинилася до того ж матір'ю Метта «Пса» Уїльямса.
Професор Джонс змушений підкоритися Ірині, він отримує необхідні їй відомості. Але дослідний ажіотаж Ірини в черговий раз переривається спробою втечі - на цей раз втечу стихійно організовує юний Метт. І все б вдалося, якби Індіана і Меріон не були в пастку сипучих пісків. Поки Метт і божевільний Окс організовували порятунок, Меріон, злякалася, що їй і Інді прийшов кінець, несподівано зізнається Джонсу, що Метта насправді звуть Генрі ... Меріон назвала сина на честь його батька - Генрі Джонса-молодшого! Той приходить в подив. З ступору Індіану виводить лише поява Ірини і її людей, яких привів Окслі, щоб врятувати Джонса. І ось пов'язаних професора Джонса, Меріон, Метта і Окслі вже везуть по прорубують в джунглях дорозі - в тому напрямку, де повинен бути Акатор.
Ледь отямившись від новини про своє батьківство, Джонс, проте, вступає в запеклу перестрілку з Меріон, яка не може пробачити Індіану за те, що після історії з Ковчегом той втік від неї буквально за кілька днів до призначеного весілля. Крім того, Генрі Джонс-молодший заявляє свої батьківські права на Генрі Джонса- «ще більш молодшого» і приступає до її виховання, чому останній не особливо радий.
Батьківським нотаціям і майже подружньої сцені може перешкодити лише ще один пагін - на цей раз більш вдалий: в результаті божевільної гонки через джунглі Джонс і компанія відривається від Спалько, яка втратила більшу частину своїх людей, в тому числі і вірного підручного полковника Довченко (його з'їдають мурахи ).
Храм починає руйнуватися. Індіана Джонс і група його друзів потихеньку відступають. Але Мак через свою непомірну жадібність і тяги до багатства і скарбів не встигає піти і його разом з залишилася жменькою радянських солдатів забирає в інший вимір. В результаті обертання 13 кришталевих скелетів утворюють одне позаземне істота, яке починає передавати Ірині то знання, яке вона так прагнула. Однак ноша знань виявляється не під силу для людини. В результаті честолюбна і егоїстична авантюристка заживо згоряє в тому світі, який струмує з очей прибульця.
Вибралися з храму Індіана, Метт, Меріон і Окслі бачать, як з надр зруйнованого храму піднімається гігантська літаюча тарілка, чиє шалений обертання знищує стародавнє місто Акатор. Тарілка піднімається над землею і захоплює за собою кам'яні брили, створюючи щось на зразок смерчу. Несподівано тарілка пропадає, і разом з її зникненням припиняється буйний смерч. Все, що було піднято в повітря - знову впало на землю, а в утворену на місці Акатора воронку хлинула вода з Амазонки, знищуючи всі сліди події.
Окслі остаточно знаходить розум, Меріон і Індіана укладають один одного в обійми, а Метт починає відтепер звикати до оклику «молодший». В кінці Індіана все-таки веде Меріон до вівтаря.
У дужках вказані імена акторів російського дубляжу.