- забезпечення в межах своєї компетенції заходів щодо раціонального використання, відновлення та охорони водних об'єктів, попередження і ліквідації шкідливої дії вод;
- надання права користування водними об'єктами, що знаходяться у федеральній власності;
- експлуатація водосховищ та водогосподарських систем комплексного призначення, захисних та інших гідротехнічних споруд, що знаходяться у віданні Агентства, забезпечення їх безпеки;
- розроблення в установленому порядку схем комплексного використання і охорони водних ресурсів, водогосподарських балансів і складання прогнозів стану водних ресурсів та перспективного використання та охорони водних об'єктів;
- забезпечення розробки і здійснення протипаводкових заходів, заходів з проектування та встановлення водоохоронних зон водних об'єктів і їх прибережних захисних смуг, запобігання забрудненню вод;
- надання державних послуг з надання інформації, пов'язаної зі станом і використанням водних об'єктів, що перебувають у федеральній власності;
- ведення державного реєстру договорів користування водними об'єктами, державного водного кадастру і Російського регістра гідротехнічних споруд, здійснення державного моніторингу водних об'єктів, державного обліку поверхневих і підземних вод.
Структура центрального апарату агентства
- Управління ресурсів вод і регулювання водогосподарської діяльності
- Управління економіки, фінансів і бюджетного обліку
- Управління майна, інформатики та науки
- Управління справами державної служби та кадрів