Висока, як щиро вважав Антуан Бурбон, довіру, надану йому Катериною Медічі, лестило його самолюбству, не дозволяючи зрозуміти, що Гізи, які отримали можливість впливати на королеву-матір, крутять їм, як хочуть. По правді сказати, він сам не знав, що йому треба і до якої сторони примкнути в назріваючий конфлікт. Якщо він і зблизився з протестантами, то виключно з досади: при укладанні договору в Като-Камбрези його просто-напросто забули, тоді як сам він розраховував отримати окуповану іспанцями частина Наварри.
Тоді його дружина Жанна д'Альбре ще й не думала ставати протестанткою, навпаки, вона всіляко опиралася компрометувати його діям, кажучи, що він ризикує втратити володінь, тоді як сама вона не має наміру втрачати того, що їй дісталося від предків - королів наваррського. Однак Антуан продовжував наполягати. Більш того, він дав синові наставника-гугенота, месьє де Ла Гошрі, який викладав своєму учневі не тільки початку французької та латинської мов, а й основи протестантського віровчення. Однак при цьому не до кінця ясно, якою мірою Антуан був замішаний в знаменитий Амбуазського змову і взагалі знав про наміри його організатора Ла Ренодо. Його брат Конде набагато ґрунтовніше скомпрометував себе, хоча змовники і йому відвели роль лише «весільного генерала».
Гізи з повною підставою більше бояться не нерішучих Бурбон-Вандома, а братів Шатійон. Необачно проведена чистка кадрів в армії і судах, а також різного роду фіскальні заходи, поспішно прийняті кардиналом Лотаринзький, в якийсь момент підірвали популярність Гізов. Тоді вони вмовили королеву-матір і її синів сховатися в замку Амбуаз, щоб захистити себе від Коліньї і його прихильників, які в дійсності були глибоко віддані короні. Вони належали до тих протестантам, які не вимагали нічого іншого, крім можливості вільно сповідувати свою релігію, і які все ще залишалися під миротворчим впливом Женеви. Кальвін застерігав: «Якщо проллється хоча б одна крапля крові, розіллються криваві ріки». Його застереженням знехтували, і зловісне пророцтво збулося. Правда, він залишив своїм прихильникам лазівку: опір допустимо, якщо боротьбу проти Гизов очолять принци крові - Антуан Бурбон, який сам хоча і благоволив справі протестантів, проте здавався їм сумнівним людиною, і його молодший брат, принц де Конде. В Антуана незабаром розчарувався і Кальвін: «Totus est venereus», «цілком відданий Венері», з гіркотою зауважив «женевський тато» з приводу свого невірного адепта, схильного вдаватися до любовних втіх куди більше, ніж дозволялося правовірним кальвіністам.
Як і слід було очікувати, розправа над учасниками Амбуазського змови лише підігріла релігійний запал гугенотів. Цей виступ став свого роду символом віри, про що свідчить Агріппа д'Обіньє, якому було вісім з половиною років, коли батько спеціально привіз його до Амбуаза, щоб показати понівечені тіла мучеників за віру. «Дитя моє, - сказав він йому, - коли впаде і моя голова, не дорожи своєї, щоб відплатити за цих гідних вождів нашої партії. Якщо ти будеш щадити себе, хай упаде на тебе моє прокляття! »Агріппа поклявся мстити за мучеників і дотримав своє слово.
Втім, це станеться трохи пізніше, а відразу після Амбуазського змови в міжконфесійної і політичної боротьби наступила коротка передишка. З ініціативи Катерини Медичі канцлером був призначений Мішель де Лопиталь, відомий поміркованістю своїх поглядів. Гоніння на гугенотів тимчасово припинилися. Амбуазського едикт 1560 року надав на найближчі два роки свободу совісті, хоча і не дозволяв вільного відправлення протестантського культу. У цій обстановці релігійно-політичної «відлиги» Жанна д'Альбре ще дотримувалася відому обачність, вважаючи за краще не дратувати ні тата, ні місцеве католицьке духовенство. Перш за все це стосувалося виховання юного принца Наваррского. Йому виповнилося вже шість років, і це був вік, коли хлопчики переходили з-під опіки жінок в чоловічі руки. На зміну мадам де Міоссан прийшов Шарль де Бомануар де Лаварден, син якого Жан де Лаварден, двома роками старше Генріха, стане одним з його вірних товаришів. Хрещений за католицьким обрядом принц Наваррский тоді вперше став підпадати під вплив нової проповіді завдяки його наставнику Ла Гошрі, призначеного не без впливу Теодора де Беза і всупереч рішучого протесту кардинала д'Арманьяк. Прелат апелював до папи римського, погрожуючи Антуану Бурбону відмовою від влади. Двоє проповідників, а також наставник юного принца Ла Гошрі були відлучені від церкви.