Через кілька місяців після арешту з'ясувалося, що Алексанян хворий на СНІД у важкій стадії. Його адвокат Олена Львова заявила, що захворювання, можливо, було придбано в результаті хірургічної операції, яку Алексаняна провели ще до укладення. Уже в "Матроської тиші" він заразився туберкульозом. На тлі гострої стадії ВІЛ у нього розвинувся рак печінки, а потім - рак лімфатичної системи. Однак його не випускали із СІЗО і відмовляли в перекладі в цивільне медустанову.
Точна причина смерті юриста не відома, проте адвокат Михайла Ходорковського Юрій Шмідт розповів Радіо Свобода, як Алексанян відчував себе в останні місяці:
- За словами нашого спільного знайомого, він міг іноді навіть пристойно себе почувати, але весь час перебував під дамокловим мечем. Будь-яка інфекція при тому імунний статус, який він заробив на два роки відсутності реального лікування в СІЗО, могла привести до летального результату. Ймовірно, так і сталося, - каже Юрій Шмідт.
Кореспондент відділу розслідувань "Нової газети" Віра Челищева розповіла Радіо Свобода, що список складався ще до смерті Василя Алексаняна:
Візові та економічні санкції щодо 60-ти осіб зі списку Магнітського вже діють в США і обговорюються в Європейському союзі. Правозахисники запропонували Сенату США доповнити його списком у справі ЮКОСА і зробити відкритим.
За даними правозахисників, укладених з долями, подібними долям Магнітського або Алексаняна, в Росії сотні, але лише про десятки відомо громадськості.
Василь Алексанян міг би залишитися в живих, якби не провів настільки довгий час в слідчому ізоляторі, сказав Радіо Свобода співголова правозахисної фракції "Яблуко" Валерій Борщов.
- У той час, коли Алексанян сидів в СІЗО, існувало постанову уряду, за яким важко хворих засуджених звільняли з колонії. Але на підслідних це не поширювалося. І тільки коли наша суспільно-спостережна комісія зайнялася справою про загибель Магнітського, ми поставили це питання. І, нарешті, в цьому році вийшов відповідний указ президента, - пояснив Валерій Борщов.
- Обрання судом застави в такому неймовірному розмірі замість безумовного звільнення з-під варти виглядає цинічним знущанням над законом і здоровим глуздом, - сказав тоді сам Алексанян.
Юрист став заручником справи ЮКОСа, - вважає адвокат Михайла Ходорковського Юрій Шмідт:
- Він був затриманий незаконно і був в чистому вигляді в'язнем совісті і заручником справи Ходорковського. Самостійного інтересу для слідства він не уявляв. Він був потрібен як джерело доказів неіснуючої провини Ходорковського. Слідство неодноразово пропонувало йому угоду: потрібні свідчення проти Ходорковського, зустрічні зобов'язання і негайне звільнення з-під варти. Більш того, сам Ходорковський просив Алексаняна дати будь-які свідчення, тільки для того, щоб той зберіг собі життя, - нагадав Юрій Шмідт.
До сих пір існують різні думки на рахунок того, чи був Василь Алексанян політичним в'язнем. Його справа не раз розглядалося в Європейському суді з прав людини і цей суд наполягав на його звільнення. Лідер руху "За права людини" Лев Пономарьов каже:
- Алексанян змусив об'єднатися багатьох для його звільнення. Ми проводили численні мітинги, збирали підписи за його звільнення. Європейський суд з прав людини в особливому режимі тричі приймав рішення про те, щоб він був негайно звільнений. Але система все одно пручалася. Це була яскрава демонстрація жорстокості нашої політичної та правоохоронної системи.
