За даними досліджень лісових ресурсів встановлено, що 26% всіх пралісів світу знаходяться на території Росії. Значна частина цих лісів розташована в межах національних парків, заповідників та інших особливо охоронюваних природних територіях. У Європейській частині Росії територія НП «Водлозерский» є унікальною за площею добре збережених корінних лісів, що представляють велику цінність як природно історичний еталон рівнинній європейської тайги, так і як об'єкт наукових досліджень.
Територія парку являє собою сильно-і среднезаболоченний масив тайгових лісів з розвиненою гідрологічної мережею. Ліси на даній території уникли промислового освоєння. Незначне господарське використання лісів різними видами вибіркових рубок мало місце тільки поблизу річок і озер. На території НП «Водлозерский» виростають ліси утворені в основному ялиною, сосною, березою, осикою. Переважають ялинники і сосняки, які займають 96,4%, що характерно для тайговій зони Росії. Березові і осикові насадження виникли в основному на суцільних вирубках, гарі і вітровали, колишніх ріллі і сінокосах. Питома вага їх незначний. Вільха і модрина не утворюють чистих насаджень і зустрічаються головним чином в складі сосняков і ялинників.
Останні утворені відповідно сосною звичайною, а також гібридами ялини європейської і їли сибірської. На частку корінних хвойних лісів припадає 86% від загальної лісової площі парку. Вони сформувалися в результаті їх тривалого (300-500 років) існування на займаній території. До корінних лісах по визначенню С.А. Диренкова відносяться такі ліси, які розвиваються без впливу господарської діяльності людини і катастрофічних природних впливів (пожежа, ветровал і ін.); склад, будова і продуктивність корінних лісів визначається кліматом і грунтово-грунтовими умовами. Тут ростуть насадження з віком основного покоління 180-240 років. Ліси парку представлені різними типами вікової динаміки: від одновікових (різниця у віці дерев не перевищує 40 років) до абсолютно різновікових. В останніх головні породи (ялина і сосна) представлені безперервним віковим рядом, починаючи зі сходів (1-2 роки) і закінчуючи віком природного відмирання -250-350 років. При цьому окремі екземпляри їли доживають до 430 років, а сосни - до 500 років. Максимальний діаметр їли становить 90 см, сосни - 100 см, висота їли 32 м, сосни - 35 м. Наявність глибоких тріщин (борозен) в корі їли свідчить про високий віці.
Характерною особливістю різновікових ялинових деревостанів є постійна поява самосіву їли під пологом лісу. Найбільша кількість самосіву з'являється на розклалася валеже: в що з'явилися біогрупами налічується до 400 примірників їли. У різновікових ялинових насадженнях переважають тонкомірная дерева (8-12 см) і підріст. У процесі безперервного входження його в різні покоління різновікових деревостанів забезпечується збереження ситуації вікової структури і сталість існування корінних ялинових деревостанів.
Корінні сосняку відрізняються від ялинників по віковій структурі. Ця різниця зумовлена світлолюбний сосни, яка здатна формуватися в основному древостое з чітко вираженими двома поколіннями. Різниця у віці може становити 80-130 років. Значна частина сосняков парку була в минулому пройдена низовими пожежами.
Продуктивність сосняков і ялинників парку варіює від II до Vа, Vб класів бонітету, тобто запас деревини в таких лісах становить від 90 до 300 кубометрів деревини на гектар.
Найважливішим фактором, що визначає стадію динамічного рівноваги і стійкість корінних лісів є досягнення і збереження ними оптимального біологічного різноманіття. У зв'язку з цим нами проводиться комплексне вивчення різних аспектів біорізноманіття, включаючи деревостани, напочвенний покрив, ґрунт, спільноти комах і грибів.
Екологічний спектр лісів НП «Водлозерский» досить широкий і представлений 14 типами, від бідних сфагнових до найпродуктивніших - кіслічних. Для ялини і сосни характерне абсолютне переважання чорничного типу лісу.
У корінних ялинниках склад напочвенного покриву залежить від умов місця зростання. Так, в чернично-сфагновому типі лісу трав'яний-кустарнічковий ярус розвинений слабо. Покров утворений за все чотирма видами. Мохової покрив розвинений добре, досягає потужності 15 см і складний сфагновими мохами (сфагнум Гіргензона). Зелені лісові мохи зустрічаються на пристовбурних підвищеннях.
Кіслічних різнотравні тип є найбагатшим за видовим складом живого напочвенного покриву. Його трав'яний-кустарнічковий ярус добре розвинений (проективне покриття - 92,0%) і включає 30 видів. У трав'яно-кустарничковом ярусі переважає тайгове різнотрав'я. Розподіл напочвенного покриву нерівномірне. Мохової ярус утворений 21 видом і складається в основному з гілокоміум блискучого, проективне покриття якого в окремих природних рослинних угруповань досягає 25%. Визначено 17 видів зелених мохів, які займають невеликі депресії. Сфагнові мохи утворюють невеликі плями і відіграють незначну фитоценотических роль в покриві.
На ділянках суцільного ветровала відбувається процес природного відновлення корінних ялинових деревостанів, за рахунок підросту. У ялинниках чорничник при загальній чисельності ялинового підросту 2,0-7,0 тис. / Га і тієї, що зустрічається його 30-40% формуються ялинові деревостани з незначною домішкою листяних порід. У більш вологих долгомошние типах лісу, де переважає дрібний підріст і спостерігається рясна поява берези, відбувається формування тривало-похідних двоярусних лиственно-ялинових насаджень.
У перші роки після ветровала, на ветровально-грунтових комплексах відбір рослин, здатних до проростання на оголеною грунті, йде під впливом таких чинників як вологість, освітленість, трофність середовища існування. На всіх стадіях розвитку мохів на оголеною грунті зберігаються загальні закономірності. Спочатку з'являються такі види зелених мохів як: Цератодон пурпурний, мохів роду Дікранелла і роду політріхум.
У корінних лісах Парку закладена серія пробних площ, на яких постійно ведуться спостереження за природним розвитком незайманих ялинових деревостанів як в звичайних умовах, так і порушених сильними ураганами. Тут прокладені маршрути наукового та екологічного туризму.