Нейт і Саллі слідують за Флінном і його босом Зораном Лазаровичем (Graham McTavish), сербським злочинцем, про який ходять чутки, що він загинув на Борнео. За допомогою Хлої, яка працює «кротом» в таборі Лазаревича, вони дізнаються, що на затонулому флоті ніколи не було каменю Чинтамани. Вони виявляють гробницю, в якій знаходяться тіла пасажирів, а також знаходять тибетський кинджал Пхурбу і лист, в якому Поло каже, що наступний ключ знаходиться в храмі в Катманду, Непал. Незабаром Флінн зі своїми людьми з'являються в гробниці і забирають лист, а Нейт і Саллі збігають, зістрибнувши зі скелі в річку.
Хлоя і Нейтан відправляються в Непал і виявляють, що армія Лазаревича руйнує місто, намагаючись знайти потрібний храм. Припускаючи що храм, який вони шукають, прикрашає символ Пхурбу, вони обстежують місцевість з даху місцевого готелю і знаходять його.
По дорозі в храм Нейт і Хлоя стикаються з Оленою Фішер (Emily Rose) і її оператором Джеффом (Gregory Myhre), які вистежували Лазаревича, щоб довести, що він все ще живий. Вчотирьох вони добираються до храму і дізнаються, що камінь і Шамбала знаходяться в Гімалаях. Зібравшись йти, вони потрапляють в засідку, де Джеффа ранить один із солдатів Лазаревича. Незважаючи на заяви Хлої залишити Джеффа, група несе його, поки їх не ловлять Лазаревич і його люди. Хлоя наводить пістолет на Нейта, щоб зберегти своє прикриття, а Лазаревич вбиває Джеффа. Хлоя і Лазаревич сідають на поїзд і їдуть. Нейт і Олена наздоганяють поїзд Лазаревича на вкраденому джипі. Нейт застрибує на поїзд і знаходить Хлою, але та відмовляється йти з ним, з-за того, що він взяв Олену і Джеффа з собою. В цей час з'являється Флінн і стріляє Нейтану в живіт. Нейт нічого не залишається окрім як вистрілити в газові балони. Вибух знищує людей Флінна, і половина поїзда, разом з Дрейком, падає з високої скелі.
Дія гри повертається до того місця, де гра почалася. Нейт вибирається з поїзда і йде через снігову бурю. Він встигає знайти Пхурбу перед тим як падає без свідомості. Він прокидається в тибетській селі, де він зустрічає Олену. Вона являє йому німця на ім'я Карл Шефер (Rene Auberjonois). Шефер каже Нейт, що Пхурбу є ключем до пошуку Шамбали, але Нейт каже йому, що його це більше не цікавить. Щоб переконати його у зворотному, Шефер посилає Нейтана і главу села Тензін (Robin Atkin Downes), щоб знайти останки людей з його експедиції, що шукала Шамбалу 70 років тому. Пробравшись через кілька печер стародавнього храму, заповнених дивними істотами, Нейт і Тензін виявили, що люди Шефера були членами СС експедиції Аненербе, і що Шефер вбив їх, щоб захистити світ від сили каменю. Повернувшись в село, вони виявляють людей Лазаревича, які напали на село. Захистивши село, Нейт з Оленою дізнаються, що Шефер викрадений разом з кинджалом. Вони відстежують конвой Лазаревича, що прямує до закинутого монастиря. Разом вони знаходять смертельно пораненого Шефера, який говорить Нейт, що він повинен знищити камінь. Потім Шефер вмирає від отриманих ран.
Нейт знаходить Хлою, і вона віддає йому Пхурбу після того як він обіцяє вбити Лазаревича. Нейт і Олена використовують Пхурбу, щоб відкрити секретний прохід в Шамбалу під монастирем, але в цей час з'являється Лазаревич. Він наказує Нейт відкрити ворота. Коли ворота відкриваються, на них нападають монстри з крижаних печер, але Лазаревичу вдається вбити їх. З'ясовується, що ці монстри насправді люди, які охороняють Шамбалу; вони отримують силу від каменю Чинтамани і одягаються як монстри, щоб відлякати будь-якого, хто вторгнеться в їх місто. Лазаревич збирається вбити Нейта і Олену, але в цей час з'являється нова хвиля монстрів, і їм разом з Хлоєю вдається втекти.