Преподобна Аполлінарія була дочкою Анфимия - правителя грецької імперії за часів малолітства Феодосія Молодшого. Згодом Анфимий став западнорімскіе імператором Прокопом Антем (467-472). Аполлінарія славилася красою, проте життя свою вирішила присвятити Небесному Нареченому.
Давши обітницю дівоцтва, вона випросила у батьків дозвіл поклонитися святим місцям Сходу і відправилася в Єрусалим. Помолившись у палестинських святинь, вона пішла в Єгипет. В Олександрії Аполлінарія відвідала храм великомученика Міни, а потім, таємно від слуг, переодяглася в чоловічий одяг і під ім'ям євнуха Дорофея пішла в пустелю в Скитський монастир до святого Макарія Великого, де віддалася суворому посту, безперервній молитві і великотрудним справах благочестя. Минуло багато років, і преподобна здобувала дари чудотворіння.
У її батьків була ще одна дочка, але вона страждала біснуванням. Дізнавшись про надзвичайні подвиги Скитського батька Дорофея, батьки вирішили послати до цього святого чоловікові дочку для зцілень. Преподобна Аполлінарія молитвами вигнала демона з сестри, але осоромлений біс вирішив помститися і надав цій сестрі вид вагітної жінки. Злий дух звинуватив святу в розбещенні, і Аполлінарія в кайданах відправили на суд до Риму. Там уявний Дорофей відкрився своїм батькам, що він і є їх зникла дочка Аполлінарія.
Після цього хвора дочка була знову видужала, а преподобна повернулася в Скит і трудилася там до самої своєї блаженної кончини (близько 470), після якої святий Макарій Великий і ченці дізналися, хто був цей євнух насправді, і з честю поховали святу Аполлінарію. Після її смерті від мощей було скоєно багато зцілень. Житіє преподобної написано сучасником її і супутником в Єрусалим. Джерело, біля якого вона вначала трудилася, і сьогодні називається джерелом Аполлінарії.