Сюжет епізоду починається там, де закінчується Episode One. Після вибуху Цитаделі поїзд, на якому їхали Гордон Фрімен і Алікс Венс. потрапляє під вибухову хвилю і терпить крах. Їм доводиться добиратися до головної бази Опору - комплексу «Біла Роща» - своїми силами. Головна мета - доставити в Білу Гай дані, здобуті в Цитаделі, де містяться секретні плани керівництва Альянсу, а також код частоти сверхпортала, що утворився над зруйнованим Сіті 17. Цей портал повинен знову міцно зв'язати Землю і всесвіт Альянсу, що загрожує людству приходом підкріплення інопланетних загарбників і повторенням семигодинний війни ( «Якщо він набере повну силу то повториться семигодинний війна. Тільки на цей раз нам не протриматися і семи хвилин ...» - Ілай Венс). Однак, використовуючи код частоти хвилі порталу, у повстанців є можливість закрити його за допомогою ракети із супутником, на якому встановлений «зен-резонатор», запустивши його з Білої Гаї. Але все ускладнюється тим, що розвідка Альянсу виявила базу і туди вже прямує ударна армія. Фрімен і Алікс змушені поквапитися, щоб встигнути доставити дані і попередити повстанців про загрозу, що насувається.
Глава 1: В Білу Гай (англ. To the White Forest) Правити
Мисливець нападає на Алікс
Глава починається на тому місці, на якому закінчилася попередня частина. Ядро Цитаделі вибухнуло, накривши вибуховою хвилею поїзд, в якому рятувалися з Сіті 17 Гордон і Алікс. Гордон виявився в покорёженном поїзді, і Алікс використовує гравітаційну гармату. щоб звільнити його. Пройшовши трохи від місця аварії, вони бачать руїни Сіті 17 і зародження сверхпортала. Відбулася портальна буря остаточно знищує міст, одночасно звільняючи прохід в шахти.
Алікс каже, що вони повинні дістатися до бази в Білій Гаю і доставити дані, здобуті в Цитаделі. Пройшовши через кишить зомбі тунель, вони добираються до станції зв'язку та зв'язуються з Білої гаєм. На зв'язок виходять доктор Кляйнер і Ілай Венс і з полегшенням дізнаються, що Гордон і Алікс пережили вибух Цитаделі, але їх перериває доктор Магнуссон. глава бази "Біла Роща", незважаючи ні на що вимагає терміново доставити дані в Білу Гай. Звук Мисливців і патруля Альянсу підтверджує, що Комбайни і раніше шукають викрадені дані.
Незабаром після цього Мисливець важко ранить Алікс. Вчасно прибув вортігонт не дає їй загинути і закликає одноплемінників, щоб допомогти їй. Гордон супроводжує вортігонта в безпечне місце, але через зламаний ліфта їхні шляхи розходяться, і Гордону доводиться пробиратися по печерах лігва мурашиних левів. щоб дістатися до бази повстанців.
Глава 2: Кільце Ворта (англ. This vortal coil) Правити
Гордон прибуває на невелику базу Опору, де вортігонт вже намагається допомогти Алікс. Але Гордон, пробираючись через печери, потривожив мурашиних левів, тому він змушений тепер стримувати їх шалені атаки, захищаючи Алікс і вортігонта. Ситуація ускладнюється наявністю всього двох ледь справних кулеметів, які виходять з ладу через деякий час. В критичний момент на базу прибуває група вортігонтов і допомагає відбити найсильнішу атаку. Закінчивши з левами, вони приступають до лікування Алікс, але для цього потрібно личинковий екстракт мурашиних левів, тому Гордону доводиться супроводжувати вортігонта в лігво левів.
Пробираючись по шахтам вони виявляють натовпу зомбі і зомбайнов. Пробираючись вглиб печер, вони стикаються зі стражем, що говорить про те, що вони вже близькі до екстракту. Однак варта вбивати не можна, так як інакше екстракт втратить свою силу, тому Гордон змушений пробиратися по печерах, ухиляючись від стража. Нарешті він відривається від звіра і допомагає спустити до себе вортігонта. Разом вони добувають екстракт і поспішають до Алікс.
Доставивши екстракт вчасно, вортігонти за допомогою Гордона зцілюють Алікс. Під час лікування час зупиняється, і з'являється G-Man. Він повідомляє Гордону, що той повинен дістатися до "Білої Гаї" і натякає на значимість Алікс для своїх планів, а після цього він вселяє їй передати батькові послання, яке полягає в тому, щоб він "підготувався до непередбачених наслідків". G-Man зникає, і вортігонти завершують зцілення. Трохи отямившись Гордон і Алікс в супроводі вортігонта піднімаються на поверхню.
Глава 3: Папа Фрімен (англ. Freeman pontifex) Правити
Останній табір в Шахтах Перемоги
Вийшовши на поверхню, група бачить армію Альянсу з Радниками в інкубаційних капсулах, що рухається на північ. Вортігонт каже, що вони об'єднують розрізнені загони. Алікc розуміє, що вони рухаються до Білої Гаю. Ворт повідомляє, що неподалік є люди, що володіють засобами переміщення. Щоб добратися до них групі доводиться пробиватися через мурашиних левів, а Гордону доводиться вбити двох вартою. Піднявшись до табору, герої виявляють, що всі, хто там знаходився, знищені. Разом з тим поряд з трупами повстанців лежать і трупи Комбайнів, що говорить про те, що вони були атаковані зомбі. За допомогою комп'ютера Алікc виявляє на мосту неподалік кинуту машину. для того, щоб використовувати її, Гордону доводиться спуститися вниз і, прориваючись з боями повз зомбі на іншу сторону, піднятися на міст. Розчистивши дорогу, він сідає в машину і повертається до Алікс і Ворт. Алікс тепло прощається з вортігонтом, той відкриває ворота, і Гордон з Алікс їдуть.
Цікаві факти Правити
- Слово "pontifex" в оригінальній назві глави означає як "Понтифік", так і "Мостобудівник".
- На комп'ютері можна помітити G-Man 'а, походжав по мосту.
Глава 4: Озброєний і на дорозі (англ. Riding shotgun) Правити
Радник в сараї, який використовує мертвих повстанців
Отримавши автомобіль, Гордон і Алікс на повній швидкості їдуть до Білої Гай. Перший же тунель виявляється завалений, і їм доводиться шукати об'їзні шляхи. Виявивши по шляху радіовежу, Алікс вирішує зв'язатися з вченими в Білій Гаю і повідомити про рухається на них армії Комбайна. Однак передавач знеструмлений, і Гордону доводиться знайти спосіб подати на нього електрику. Спустившись у підвал одного з сараїв, він підключає потрібні дроти і вже піднімається нагору, як в цей момент зауважує Мисливця. Алікс і Гордон змушені вступити з ним в бій, і тут встигають ще два роботи. Розібравшись з ними і вийшовши з приміщення, вони наштовхуються на ще двох Мисливців. Коли всі вони були знищені, Алікс йде до передавача і виходить на зв'язок з Білої Гаєм, але поганий зв'язок заважає їй повідомити про загрозу. Зв'язок остаточно перервався, Алікс відкриває ворота, і вони з Гордоном їдуть далі.
На наступній зупинці вони виявляють ще один сарай. Варто було тільки їм увійти всередину, як починає відбуватися щось незрозуміле. Увійшовши до приміщення, вони виявляють инкубационную капсулу з Радником. Гордон вистрілює з гравію-гармати в систему життєзабезпечення Радника і руйнує її. Радник вибирається з кокона і притискає Гордона і Алікс до стіни. Один з розрядів зруйнованої системи ранить Радника, і той в люті притягує до себе Гордона, маючи намір розібратися з ним. Але в цей момент ще один електричний вибух сильно ранить Радника, і той змушений рятуватися, попутно покликавши допомогу. Відразу ж з'являються солдати Альянсу, і Алікс з Гордоном змушені бігти. Виїхавши на залізницю вони мчать по шляхах з вертольотом на хвості. По дорозі вони зустрічають базу Опору, і в цей момент двигун автомобіля остаточно ламається. Кинувши машину, Гордон гравію-гарматою закидає вертоліт його власними мінами, ніж допомагає повстанцям позбавитися від нього. Ті, в свою чергу, на знак вдячності допомагають полагодити машину.
Глава 5: На радарі (англ. Under the radar) Правити
Селище, в якому влаштували засідку Комбайни
З'ясовується, що виїхати з бази заважають автоматичні кулемети. Гордону доводиться обійти їх з тилу і підірвати пункт управління. У той час, поки він розбирався з кулеметами, повстанці допомогли полагодити машину і зробили подарунок у вигляді бортового радара. Алікс і Гордон відправляються в шлях, знаходячи по дорозі тайники зі зброєю.
По дорозі вони виявляють, що один з тунелів перегороджений Альянсом, тому вони змушені були шукати об'їзні шляхи. Опинившись в невеликому селищі, вони потрапляють в засідку Комбайнів, і їм доводиться стримувати натиск ворога. Розібравшись з противником, який використав Мисливців, Гордон і Алікс шукають спосіб відкрити загородження, але знову їх чекає ворог. Нарешті Гордон відключає харчування загороджень, і вони з Алікс прибувають до Білої Гай. Тут вони наштовхуються на страйдера. і Пес рятує їх. Коли дорога була розчищена, Алікс пропонує Гордону дістатися до бази наввипередки з Псом.
Цікаві факти Правити
- Під час засідки можна вбити і більше трьох Мисливців, але Алікс все-одно скаже, що Мисливців було троє.
- Якщо Гордон обіграє Пса, Алікс скаже: "А ми швидше". а якщо програє, то: "Цього разу ти переміг".
Глава 6: Наш спільний ворог (англ. Our mutual Fiend) Правити
Алікс, Ілай і доктор Кляйнер розмовляють про посланні Джудіт
Страйдер руйнує будівлю в Білій Гаю
Алікс і Гордон дізнаються, що команда Білій Гаї готує до запуску супутник, який повинен буде діяти з супутником, запущеним в Half-Life. і закрити портал.
Комбайни раптово атакують базу, і Гордону практично поодинці доводиться відбивати атаки ворога і ізолювати ракетну шахту.
Після успішного відбиття атаки Гордон зустрічає Алікс, і вони обидва повертаються до Ілаю і Кляйнера, переглядають повідомлення Джудіт Моссман. Тут з'ясовується, що "проект" є ні чим іншим, як "Бореєм", зниклим судном Aperture Science з неймовірно сильною зброєю на борту. Доктор Кляйнер пропонує використовувати технології Борея проти Альянсу, проте Ілай проти, кажучи, що таку міць неможливо контролювати і що це може привести до "нової Чорній Мезі". Ілай збирається летіти за Джудіт, але Кляйнер і Алікс зупиняють його, розумно помічаючи, що можливість полону лідера Опору неприпустима. Доктор Кляйнер йде розшифрувати послання Джудіт. На моніторах ком'ютера на мить з'являється G-Man, і Алікс передає його послання батькові. Вражений Ілай без сил сідає в крісло. Алікс йде зробити йому чай, і Ілай, залишившись наодинці з Гордоном, говорить йому, що вже одного разу G-Man говорив йому це перед інцедентов в Чорній Мезі, але тоді він його не послухав.
Однак Гордону знову не доводиться нудьгувати - сили Альянсу на підході. Доктор Магнуссон навчає Гордона поводження з зі своїм винаходом - Пристроєм Магнуссона - і доручає йому захистити свою ракету. Гордон на машині відправляється в Білу Гай і приймає бій зі значною кількістю страйдера і Мисливців. На превелику силу перемога була здобута і Гордон поспішає назад на базу, де вже майже готові до запуску ракети.
Глава 7: T-Мінус Один (англ. T-minus one) Правити
Ілай і Алікс спостерігають за закриттям сверхпортала
Коли Гордон повернувся на базу, Магнуссон подякував йому за порятунок своєї ракети. Гордону доручається її запуск, що він з успіхом і виконує. Після цього Ілай, Гордон і Алікс виходять на вулицю спостерігати за ракетою. Залишившись на хвилину одні, Ілай говорить Гордону, що G-Man мав на увазі саме "Борей", і що він повинен бути знищений чого б це не коштувало. Ілай визнається, що пишається Гордоном "як пишався власним сином". У цей момент Алікс їх квапить, вони виходять на вулицю і спостерігають, як закривається сверхпортал. Відразу після цього всі троє направляються в ангар до вертольота.
І тут з'являються два радника, які паралізують Гордона і Алікс і схоплюють Ілая. Один з них вбиває його, проткнув його голову своїм щупальцями. У цей момент з'являється Пес і серйозно ранить (і, можливо, вбиває) одного радника, а іншого змушує звернутися до втечі. Звільнена Алікс добирається до батька і плаче над його неживим тілом. Це останнє, що ми бачимо і чуємо, коли екран чорніє.
Цікаві факти Правити
- На базі, в лабораторії Урії, є закрите приміщення з крашанкою, що є відсиланням до серіалу "Lost". У приміщенні стоїть комп'ютер з шістьма відомими цифрами (4 8 15 16 23 42) та стилізований під Дхарма восьмикутник з трьома соснами з логотипу Білій Гаї (див. Фото)
Сюжет серії ігор Half-Life