Приставка прото в нашій мові - іноземка. Прибула до нас ця заморська гостя з мови грецької, хоча коріння її, як стверджують словники етимологічні, в мові праіндоєвропейському. Прибула і спочатку енергійно взялася спільно з іншими приставками (як вітчизняними, так і іншомовними) за словотвірні справи, активно поповнюючи насамперед загальна кількість іменників. Пізніше активність цього морфеми поугасла, а тому не так вже й багато слів вона встигла народити, ставши приставкою непродуктивною. Разом з тим вона внесла своєю присутністю додаткові лексичні значення. які мала, в утворені з її допомогою лексеми.
Що це за значення? Грецька лексема πρώτος (protos) на російську перекладається як «перший, головний». Звідси і три основних значення приставки прото. Вікісловник останні два значення об'єднує, але, на мій погляд, між ними настільки істотна різниця, що їх слід розділити. Це я і зробила.
Отже, морфема прото утворює від іменників інші іменники:
1) зі значеннями первісності, витоків того, що названо іменником виробляють, наприклад,
- алфавіт => протоалфавіт (система письма, що породила всі алфавіти світу);
- зірка => протозвезда (щільне речовина, сконцентрувати газово-пилові хмари, зачаток зірки);
- історія => протоісторія (найдавніший - доісторичний - період життя людства);
- текст => прототекст (протограф) - вихідний текст, що дав початок декільком більш пізнім текстам;
- тип => прототип (і прообраз літературного персонажа - найбільш відоме значення слова; і первинна версія якого-небудь нового продукту; і об'єкт для створення клонів);
- тюрки => прототюрки (стародавні племена, родоначальники тюркських племен).
В даному значенні приставка прото синонимична приставці пра-. Є, наприклад, слова:
2) найменування церковних посад, які мають значення старшинства (прото = старший, головний):
- диякон / диякон => протодиякон / протодиякон (диякон, помічник священика, вищого чину, старший диякон);
- ієрей => протоієрей (ієрей, тобто священик, вищого чину; старший ієрей);
- поп => протопоп (= протоієрей).
3) найменування осіб по вищого ступеня якості, ними проявляється і названого виробляє лексемою (прото = надзвичайно; найбільший з подібних; перший, кращий з подібних):
- бестія (людина хитрий, пройдисвіт) => протобестія (надзвичайно хитрий і зухвалий індивід, пройдисвіт вищої проби);
- каналья (пройдисвіт, шахрай, шахрай) => протоканалья (первй, кращий з шахраїв, шахрай надзвичайно);
- шахрай => протоплут і Протоплут (персонаж).
Але список лексем з приставкою прото не обмежується породженими нею іменниками: словотворча ланцюжок в деяких випадках була продовжена прикметниками. освіченими за допомогою суфіксів від іменників з цією приставкою:
- зірка => протозвезда => протозвёздний;
- історія => протоісторія => Протоісторіческій;
- плазма => протоплазма => протоплазмова, протоплазматична;
- шахрай => протоплут => протоплутовской;
- тюрків => прототюрок => прототюркской;
- ієрей => протоієрей => протоіерейскій.
Додам: в словниках Орфографічний (РАН), морфемний-орфографічному (udarenieru.ru), Вікі прото розглядається як словообразующая морфема - префікс (приставка); укладачі ж словника Великого тлумачного називають прото першою частиною складних слів, що, на мій погляд, не має ніяких підстав.