ТОВ «Екологічний флот» здійснює діяльність із збирання, транспортування та утилізації суднових відходів і побутового сміття з суден. Комплексний підхід до діяльності щодо поводження з небезпечними відходами, починаючи від моменту збору до знешкодження або розміщення відходів, дозволяє Компанії повністю контролювати кожен етап виробничого процесу. Це забезпечує максимальну екологічну безпеку акваторії Великого порту Санкт-Петербург і інших портів російської частини Фінської затоки, де працює флот Компанії.
У своїй діяльності ТОВ «Екологічний флот» використовує судна-збирачі для збору і транспортування відходів (сміття, госп-фекальних та нафтовмісних вод), станцію очищення нафтовмісних вод і Комплекс по утилізації сміття для знешкодження відходів, контейнери для збору відходів, спеціалізований автотранспорт (КАМАЗ МСК-16) для транспортування відходів. Для забезпечення екологічних операцій на судах Компанії застосовуються шланги з фланцевими з'єднаннями міжнародного зразка. Кожен шланг має відповідний сертифікат якості і акт випробувань.
Зокрема, документом затверджено Процедура прийняття відходів, яка окремо стосується прийому господарсько-фекальних та нафтовмісних вод і сухого сміття, встановлений Порядок відбору та оформлення ходової проби при прийомі лляльних вод з суден, що додатково підвищує безпеку робіт на акваторії порту.
Відходи, що збираються з суден, вивантажуються спеціалізованим автотранспортом і передаються на дезінфекційний (сортувальний) ділянку інсінератоного комплексу, де працівниками ветеринарного пункту проводиться дезінфекція. Цією ж службою проводиться дезінфекція технічних засобів і обладнання, задіяного в прийомі відходів.
Після сортування відходи, що підлягають спалюванню, автонавантажувачем доставляються до інсинератор. При перевезенні відходи вживають запобіжних засобів від прокидання або розвіювання вітром. Відходять від інсинератора викиди проходять триступеневу очистку, що дозволяє знизити вплив на атмосферне повітря.
Побутові відходи, що не підлягають спалюванню, зберігаються в спеціальних контейнерах з кришками на бетонній основі сортувальної площадки інсинератора, виключаючи забруднення навколишнього середовища.
Зола, утворена при спалюванні відходів і відходи не підлягають спалюванню в інсинератор, передаються за договором на розміщення до ліцензованої організації.
До складу екологічного флоту Компанії вхід і т судно-водолій й «Дон» місткістю 750 тонн.
З метою приведення якості води, що поставляється на судна, що заходять в порт Санкт-Петербург, до санітарним нормам, Компанією була введена в експлуатацію власна станція очистки питної води з продуктивною потужністю 60 кубометрів на годину.