У 1560 році відбувся розрив між Іваном IV і діячами вибраних раді. Іван звинуватив Адашева і Сильвестра в прагненні зосередити в своїх руках всю реальну владу, відтіснивши царя. Це загострило відносини царя з боярством, на сторону якого став і глава Російської церкви.
Організація державного управління в роки опричнини.
Політичним і адміністративним центром опричнини став "особливий двір" зі своєю Боярської думою і наказами. У опричнині була особлива скарбниця і особливе опричного військо: спочатку одна тисяча, до кінця опричнини - шість тисяч. В основному - незнатні люди, але були і представники старих пологів. Територія опричнини постійно збільшувалася і захопила велику частину держави. Опричная частина виділялася і в Москві. З великих міст за земщиною залишилися Твер, Володимир і Калуга.
При введенні опричнини цар домігся згоди боярства на право страчувати і опалі всіх, кого він вважатиме зрадниками. Відразу ж з території опричнини були виселені сотні боярських родин, їх землі відійшли опричникам. Конфіскації піддавалися і землі служивих людей, які не довели свою абсолютну відданість царю.
Опричних терор досяг апогею в 1569 - 1570 рр. Були вбиті митрополит Філіп і останній удільний князь Володимир Старіцкаій. Здійснено каральний похід на Новгород, в ході якого погрому зазнали також Твер, Клин, Торжок, сотні сіл. Скоєно масові страти в Москві. У 1572 р опричнина була скасована.
Результатом опричнини були:
1 / ослаблення боярсько-князівського землеволодіння і підрив політичної ролі боярства;
2 / запустошеніе багатьох районів країни, втеча їх населення на околиці;
3 / встановлення деспотичного режиму особистої влади царя.
Більшість істориків вважають, що опричнина була добре продуманим політичним кроком Івана Грозного і була спрямована проти тих сил, які протистояли його самовладдя, тобто перш за все проти боярсько-князівської опозиції. У опричнині відбилися і особисті якості Івана IV - людини державного розуму, але з гіпертрофовано розвиненим владолюбством.