У Національному медичному університеті імені О. О. Богомольця лікувально-консультаційна робота спрямована на координацію взаємодії між клінічними структурними підрозділами університету та лікувально-профілактичними закладами міста Києва; впровадження розробок клінічних кафедр на практиці; організацію науково-практичних конференцій, проведення профілактичних оглядів студентів, надання пільгової лікувально-консультаційної допомоги співробітникам університету та членам їх сімей; підвищення рейтингу НМУ імені О. О. Богомольця, висвітлення досягнень в засобах масової інформації; організацію чергувань спеціалістів в системі екстреної виїзної консультативної допомоги в Україні; обмін досвідом лікувальної роботи з фахівцями вітчизняних і зарубіжних медичних установ, впровадження в лікувальну практику стандартів діагностики та лікування, які базуються на даних доказової медицини; розробку і апробацію нових медичних технологій, розвиток сімейної медицини.
Клінічним кафедрами університету у співпраці з лікувально-профілактичними установами міста Києва виконується значний обсяг лікувально-консультативної роботи.
Основна клінічна база стоматологічного факультету НМУ імені О.О. Богомольця - Стоматологічний медичний центр Національного медичного університету імені О.О. Богомольця, при будівництві корпусу якого врахована специфіка профільних кафедр. Для поліпшення професійної підготовки студентів, набуття ними практичних навичок в корпусі розміщена стоматологічна поліклініка, яка має такі відділення: терапевтична стоматологія, пародонтологія, нейростоматологія, хірургічна стоматологія, дитяча стоматологія, ортодонтія, ортопедична стоматологія, фізіотерапія, рентгенологія, клінічна та зуботехнічеськая лабораторії. На базі поліклініки працює ряд республіканських лікувально-методичних центрів: пародонтологии, нейростоматологіі, профілактики стоматологічних захворювань. На сьогоднішній день використовується понад 300 робочих місць, що дають можливість забезпечити індивідуальну практичну діяльність кожного студента.
Стоматологічний медичний центр НМУ імені О.О. Богомольця щорічно відвідує близько 365,2 тис. Пацієнтів, в т. Ч. 55,4 тис. Дітей до 14 років. Щорічно встановлюється 165 тис. Пломб, проводиться близько 40 тис. Оперативних втручань в порожнині рота, виготовляється 19 тис. Зубних протезів і 3,5 тис. Ортодонтичних апаратів. В середньому щодня обслуговувалося близько 1,4 тис. Пацієнтів. Професорсько-викладацьким складом стоматологічного факультету здійснюється співпраця з дитячими садками, школами, дитячими будинками. Кафедра дитинкою терапевтичної стоматології надає лікувальну і консультаційну допомогу 12 школам, 5 дошкільним закладам міста Києва; а кафедра хірургічної стоматології та щелепно-лицевої хірургії дитячого віку - 12 дитячим будинкам України.
На клінічних кафедрах Університету сьогодні функціонує з метою надання високо-кваліфікаційної медичної допомоги населенню близько 80 одиниць високостоящую апаратури на загальну суму близько 40 млн грн. 4 кріохірургічні установки "Kpіo-пульс", 46 ультразвукових апаратів, нaбоp лапароскопічний для холецистектомії і гінекології, ендоскопічне обладнання для лапароскопічних втручань, 7 ендоскопічних систем, 4 рентгенапарати і установки, 3 анестезиологические системи, спектрофотометр атомної абсорбції.
Співробітники клінічних кафедр НМУ імені О.О. Богомольця беруть участь в засіданні Національної ради з питань охорони здоров'я населення України при Президентові України, в селекторних нарадах МОЗ України.