Після «прокачування» мінітменов вирушайте по головному завданню (УВАГА.) До вбивства Келлога. У цей момент прилітає Братство Стали і тоді ви можете вирушати виконувати їх квести. Виконуйте всі без розбору, причому краще раніше їх прильоту з ними не стикатися (Змінюється нагорода за квест на пошук Паладіна Брендіса, якщо виконати квест після приходу братства отримаєте унікальний легендарний армор). Виконуйте всі додаткові завдання в тому числі (Крім повторюваних).
Рухаємося по сюжетке до моменту зустрічі з Підземкою, і тут увага. як тільки вам розшифрують чіп мисливця - непотрібно нести його Верджіліо, виконайте всі до єдиного квести підземки. По-перше поки ви не віддали чіп і не отримали дані, доступна ланцюжок квестів «Джекпот» після якої Механік Том почне продавати вам броньовані костюми. По-друге квести Нічний бостон (1-2), Список убитих (1-2), і станція Ренольф (1-6), 11 квестів Міла від Тома, і квест по захопленню станції Мерсер від ПАМ.
Ось тепер коли Підземка повністю наша можна діяти.
Після здачі кодів Верджіліо ми несемо їх прям Братству і йдемо в Інститут. Виконуємо там перший квест (Установа закритого типу) і вмовляємо доктора Лі повернутися в братство.
Після того як ми поговорили в доктором Лі, ми можемо переміщуватися між інститутом і будь-який локацією не боячись зіпсувати відносини з ким-небудь.
УВАГА (.) Вірус із записом не віддавати інграмм! Взагалі з нею не розмовляти до квесту «Мас Фьюжн».
Йдемо в підземку і беремо квест у Дездемони «Під землею і під прикриттям». Виконуємо його до того моменту як з'явиться пункт «Продовжувати працювати з батьком». Обов'язково виконайте пункт забезпечити Сінт зброєю.
Після чого виконуємо квести інституту до моменту «Битва за Банкер-Хілл».
Тут з моїх особистих рад: сам Банкер-Хілл а так само будівлю «Мас Фьюжн» повинні бути зачищені на максимум. У Банкер-Хілл виконати всі квести, а Мас Фьюжн просто очистити від рейдерів і забрати всі голозапісі які там є, в тому числі пароль на верхніх поверхах. Так само там знаходяться унікальні черевики які запобігають шкоди від падіння. Але це окрема тема.
Про Банкер-Хілл ми попереджаємо «Підземку» і вирушаємо туди, як тільки зустрічаємо мисливця, говоримо з ним а потім стріляємо йому в спину, вбиваємо і йдемо звідти до «Батькові». Говоримо що була засідка і вирушаємо з ним на рада. Після ради відкривається доступ до завдання «Мас Фьюжн» і «Розбрат». Беремо в напарники x6-88, виконуємо завдання «Розбрат», і блукаємо з напарником по Співдружності поки не буде максимальних відносин і його перка відповідно. Не забудьте забрати з Інституту Журнал і купити легендарні речі в їхньому магазині, потім буде пізно.
Після чого Попереджаємо про «Мас Фьюжн» Братство. У цей момент інграмм НЕ буде запитувати у вас вірус, а просто піде в Мас Фьюжн.
Як тільки ми сідаємо в гвинтокрил летіти до будівлі «Інститут» стає нашим ворогом (і завдання під землею і під прикриттям провалюється), з цього як тільки виходимо з будівлі Мас Фьюжн ми йдемо в підземку і говоримо з Дездемной, вони говорить що б ви пішли до мінітменам і попросили їх про допомогу. Так і робимо, йдемо в замок і говоримо Престону що ми з Інститутом тепер вороги.
Він скаже що б ми йшли до Струджерсу і віддали йому вірус, але що б скрипт спрацював потрібно здати завдання Інграм. Так і робимо, здаємо завдання Мас Фьюжн і летимо до Струджерсу віддаємо Вірус і тут же з ним розмовляємо ще раз. Він робить нам копію вірусу, і вже з цією копією ми направляється до Братства.
У цей момент на замок нападуть, але ми НЕ (.) Йдемо його захищати! Як тільки ми захистимо замок, почнеться останній квест мінітменов і тоді квести Братства пропадуть!
Проходимо всі квести Братства до моменту «Стратегічне мислення», як тільки старійшина нам його дасть, більше ми ні з ким із братства не розмовляємо.
Тепер маючи статус Паладіна та виконавши квест Данса, отримавши схвалення х6-88 і його перк і благополучно залишивши його в Інституті, завершивши всіх квести Підземки ми йдемо, захищаємо замок. Після захисту замку спрацьовує тригер і все квести братства по сюжетке скасовуються, і про війну між Підземкою і Братством ми можемо забути. Йдемо в Інститут, Баха його, включаємо евакуацію і все. Отримуємо нашу кінцівку.