Про Бога Фома Аквінський говорить багато в чому те ж саме, що і попередні отці Церкви. Так, зокрема, Фома багато повторює «Ареопагитики», що сутність Бога прихована, про Нього неможливо нічого знати, тому краще про Бога говорять негативні визначення. Але ми можемо знати дещо про Бога завдяки посиленню до нескінченності деяких позитивних Його атрибутів.
Відносно позитивних характеристик катафатического богослов'я Фома Аквінський говорить, що оскільки Бог вічний, то Він нерухомий; оскільки в Бога немає ніякої пасивної потенційності, Бог є чиста актуальність, чисте дію, отже, Бог ніколи не переходить, Він нетлінний. Оскільки Бог простий і цілісний, отже, Він не має ніякої складності, отже, Він не є тіло. Таким чином, свою метафізику Фома Аквінський майже цілком запозичує в Аристотеля. Однак це запозичення не означає повного збігу поглядів Фоми і Аристотеля. Бо якщо головною метою пізнання Аристотеля було наукове пізнання світу, то головною метою Фоми Аквінського є пізнання Бога.
Фома Аквінський згоден з Аристотелем і Платоном, що людині доступно пізнання лише загальних сутностей. Одиничне, індивідуальне буття, конкретний предмет пізнання недоступний. Платон у вченні про ідеї і Аристотель у вченні про форми стверджували, що пізнання є лише загальне. Про індивідуальному предмет можливо лише думка, а не істинне знання. З цим згоден і Фома Аквінський, який стверджував, що то загальне, про який існує у нас знання, виявляється в конкретних індивідуальних речах у вигляді їх сутності, есенції. Ця сутність є у всього, у кожного індивідуального предмета, у кожної екзистенції. Сутність речі, есенція, по Фоми Аквінського, так само, як за Арістотелем, є те, що виражено в його визначенні. Тому, даючи визначення речі, ми пізнаємо її сутність, але сутність ще не означає існування речі. Сутність і існування збігаються лише в Бозі, тільки Бог є таким істотою, в якому з суті випливає існування. Це збіг досягається в Бога тому, що Бог простий. Чуттєвий же світ непростий, і тому сутність відокремлена від існування. В силу цього факту необхідно причастя речей деякої сутності. Отже, сама складність нашого світу говорить про те, що повинна існувати деяка проста сутність, яка і забезпечує існування нашого світу.
Ми пам'ятаємо, що в Аристотеля приблизно так само взаємодіють форма і матерія. Однак Аристотель представляється в цьому випадку менш послідовним, ніж Фома Аквінський, бо, стверджуючи, що матерія є пасивним початком, Аристотель стверджує вічність первоматерии. Фома поправляє Аристотеля і каже, що якщо матерія пасивна, то вона не може володіти самостійним буттям. Буття у матерії повинно бути також приходять, тобто матерія повинна бути створена Богом.
Бог творить і матерію і форму. Форми бувають матеріальними, з'єднаними з конкретними речами, і нематеріальними, безтілесними. Не оминув Фома Аквінський і знамениту проблему універсалій. Як і в багатьох положеннях, він намагався покласти край нескінченним суперечкам. У питанні про Універсал Фома Аквінський висловлювався так само, як Ібн Сіна. Існують три роду універсалій. По-перше, універсалії існують в самих речах, in rebus. Ці універсалії, що існують в речах і становлять сутність цих речей. Це є безпосередня універсалія. Універсалії існують і в людському розумі, який, тобто розум, шляхом абстракції витягує за допомогою активного розуму універсалії з конкретних речей. Тобто універсалії існують і після речей, post res. Ці універсалії Фома називає «уявні універсалії». Але, крім того, універсалії існують і в божественному розумі, до речей, ante res. Ці універсалії і є ідеї, або початкові форми, що містяться в божественному розумі, і тільки лише Бог є першопричиною всього сущого, тільки Він мислить в Собі зразки всіх речей. Таким чином, Фома Аквінський примиряє позиції і реалістів, і номіналістів, і концептуалістів, стверджуючи, що універсалії існують і в Божественному розумі, до речей, і в самих речах, і після речей, тобто в людському розумі.
У той час завдяки зусиллям латинських аверроистов була популярна проблема про те, пізнає чи Бог матеріальний світ. Зрозуміло, що ця проблема має не тільки чисто філософський інтерес, але і інтерес аскетичний, інтерес нашого спасіння. Тому що якщо Бог не пізнає наш мир, не пізнає індивідуальні предмети, то Він не знає і кожної конкретної людини, тому безглузді будь-які дії людини, безглузда і молитва, безглуздо і саме існування Церкви в цьому світі.
Фома Аквінський розглядає, як і завжди, доводи на захист тези аверроистов про те, що Бог не пізнає світ. По-перше, стверджують аверроісти, одиничне - матеріально, тому не може бути пізнане нічим нематеріальним. Далі, поодинокі речі не вічні, вони існують не завжди, тому їх не може пізнати вічне істота. Наступний аргумент аверроистов: одиничні речі випадкові, тому пізнання їх можливе лише тоді, коли вони існують, а коли вони не існують, знання про них неможливо. Деякі речі існують тому, що вони створені конкретною людиною, тому як може знати Бог, що відомо одному лише цій людині? Число речей нескінченно, а нескінченне - непізнавано (арістотелівський аргумент).
Конкретні речі надто мізерні і не заслуговують на увагу Бога. Деякі ці предмети містять в собі зло, а Бог не може пізнавати те, чого в ньому немає, тобто зло.
Фома докладно зупиняється на цих аргументах і стверджує, що Бог пізнає одиничні речі, матеріальні речі в якості причини цих речей, тому, будучи нематеріальним, пізнає матеріальне. Вічне істота може пізнати невічні предмети, як ремісник. Бог пізнає невічні предмети, як творець, який творить з вічності щось невічне. Бог існує поза часом і тому бачить кожну річ, як якщо б вона існувала завжди. Бог знає волю кожної людини, тому Йому відомі всі предмети, створені будь-якою людиною. Бог може пізнати нескінченне, Божественний розум відрізняється від людського. У світі немає нічого цілком незначного, бо все створено Богом, і тому все в деякій мірі несе в собі ідею доброти. І якщо щось включає в себе зло, то це зло існує лише тому, що існує добро. Тому пізнання зла передбачає пізнання добра, тому і зло також відомо Богу.
Фома Аквінський розділяє вчення Аристотеля про чотири причини, але вносить в нього суттєві корективи. Говорячи про матеріальну причини, Фома не згоден з положенням Арістотеля про вічність первоматерии. За Арістотелем, первоматерия абсолютно пасивна, є чистою можливістю, не має в собі ніякого формального початку і тому ніякої здатності до дії. Фома Аквінський бачить протиріччя в тому, що первоматерия абсолютно пасивна і є абсолютною можливістю, з одного боку, і що вона існує вічно - з іншого. За Фомі Авінскому, неможливо уявити собі, щоб абсолютно пасивна первоматерия існувала вічно, бо існувати вічно - це значить існувати самостійно, що має на увазі деяку здатність до дії. Якщо первоматерия абсолютно пасивна, то вона не має в собі здатності до існування, а значить повинна отримати її сам від себе, а від чистого дійсності, яким є Бог. Тому первоматерия, по Фоми Аквінського, повинна бути створена Богом.
Творячи матерію, Бог творить її всю відразу Своєю доброю волею, а не внаслідок Своєю природи (заперечення проти вчення про еманації, яка передбачає, що Бог не може не творити і це є Його здатність), проте воля Бога, по Аквінського, який суперечить розуму Бога. Бог єдиний, Він простий, і тому воля і розум Бога є, власне, одне й те саме. Творячи матерію, Бог не може творити її в протиріччі з деякими розумними установками. Зокрема, творячи світ, Бог не може порушити закон несуперечливий, або, як вказує Аквінський, Бог не може перетворити людину в осла, тому що це суперечить власним задумам Бога.
Розвиваючи цю думку, Фома каже про те, що Бог не може зробити багато чого, бо в такому випадку воля Бога вступала б в суперечність з розумом Бога. Бог не може, каже Фома, змінити суму кутів трикутника, зробити минуле небившім, змінити Себе, знищити Себе, позбавити людину душі, створити іншого Бога, впасти в гріх і т.д.
Сам світ Фома Аквінський розуміє в чому так само, як і Аристотель, вважаючи, що наш світ єдиний, обмежений в просторі, а не нескінченний, не однорідний в просторі, а має сувору ієрархію. Світ відрізняти за ознаками раси і з точки зору простору, і з точки зору буття - від абсолютно дійсного буття Бога до матерії як чистої можливості. Ця абсолютна иерархизированность світу як буття передбачає і наявність в світі деякого недосконалості. Саме це недосконалість в порівнянні з Богом і здається людям злом. Однак зло є лише видимість, яку ми осягаємо в порівнянні з добром. Зло існує в добро, оскільки все існує в Бога, а Бог є вище благо, тому і зло існує в добро; і в тій мірі, в якій воно існує, зло також є благо. Абсолютного зла - зла як носія самого себе, як певної субстанції - не існує, бо таке зло зруйнувало б саме себе.