Місто засноване 16 (27) травня 1703 Петром I. Цим днем датується закладка царем-реформатором Петропавлівської фортеці - першої будівлі міста - в гирлі річки Неви на Заячому острові.
Нова фортеця своїми знаряддями мала перекривати фарватери по двом найбільшим рукавах дельти річки - Неві і Великий Невкою. У наступному, 1704 році для захисту морських рубежів Росії на острові Котлін була заснована фортеця Кронштадт.
До закладки Петропавлоск фортеці на території сучасного міста розташовувалися, наприклад, такі поселення, як Автово, Стрільна і Нієншанц. Остання перебувала при впадінні в Неву річки Охти і була (по правому березі Неви) оточена посадом - поселеннями людей, що обслуговували потреби фортеці.
Новому місту Петро I надавав важливе стратегічне значення для забезпечення водного шляху з Росії до Західної Європи. Тут, на стрілці Василівського острова, навпаки Петропавлівської фортеці, був заснований перший торговий порт Санкт-Петербурга. З 1712 по 1918 місто було столицею Російської Імперії (за вирахуванням часу правління Петра II, коли статус столиці ненадовго повернувся до Москви) і резиденцією Російських імператорів.
У 1719 році в Санкт-Петербурзі був відкритий перший в Росії публічний музей - Кунсткамера, в 1724 році заснована Петербурзька Академія наук, перша російська газета також почала випускатися тут.
У роки Великої Вітчизняної війни місто витримало 900-денну блокаду німецько-фашистськими військами.
Військово-політичне керівництво фашистської Німеччини мало намір стерти Ленінград з лиця землі, винищити населення і тим самим ліквідувати колиска пролетарської революції.
У важких умовах зими 1941 по кризі Ладозького озера стала діяти військово-автомобільна Дорога життя. В першу блокадному зиму по ній до Ленінграда було доставлено понад 360 тисяч тонн вантажів, що дещо поліпшило постачання міста продуктами і озброєнням.
За проявлені мужність і героїзм 486 воїнів удостоєні звання Героя Радянського Союзу, в тому числі вісім чоловік - двічі. 350 тисяч солдатів, офіцерів і генералів нагороджені орденами і медалями.
1 травня 1945 в наказі Верховного Головнокомандувача І.В. Сталіна м Ленінград названий в числі перших міст-героїв. Девятісотдневная захист обложеного міста - легендарна повість мужності, яка викликала подив і захоплення сучасників, назавжди залишиться в пам'яті прийдешніх поколінь.
8 травня 1965 року місту Ленінграду було присвоєно звання "Міста-героя".
Міста-побратими:
Список міст побратимів Санкт-Петербурга налічує більше 70-ти міст.