У складі ЮНЕСКО є три органи:
- ГЕНЕРАЛЬНА КОНФЕРЕНЦІЯ держав-членів, яка є вищим керівним органом ЮНЕСКО, збирається, як правило, на свої сесії раз на два роки. Виходячи з принципу, що кожна держава-член має один голос, Генеральна конференція стверджує Програму і бюджет Організації.
- ВИКОНАВЧИЙ РАДА налічує в своєму складі 58 представників держав-членів; він збирається на свої сесії, як правило, два рази на рік. Виступаючи в якості адміністративного органу, він здійснює підготовку роботи Генеральної конференції і несе відповідальність за ефективне здійснення рішень Конференції.
- СЕКРЕТАРІАТ є виконавчим органом Організації. Під керівництвом Генерального директора, що обирається на шестирічний термін, співробітники Секретаріату займаються здійсненням програми, прийнятої державами-членами.
У складі Секретаріату налічується 1 514 міжнародних цивільних службовців, що складаються з фахівців і співробітників загальних служб, всі з яких є співробітниками Секретаріату. З них майже 645 працюють поза Штаб-квартирі в одному з 73 підрозділів ЮНЕСКО, розташованих в усіх країнах світу.
У 190 державах - членах ЮНЕСКО створені національні комісії, до складу яких входять представники працівників освіти, науки і культури відповідних країн.
344 неурядових організацій (НУО) підтримують відносини з ЮНЕСКО, а приблизно 1 200 НУО співпрацюють з Організацією на разової основі.
6670 асоційованих шкіл допомагають молоді виховувати в собі почуття терпимості й розуміння народів інших країн.
6000 клубів, асоціацій і центрів ЮНЕСКО сприяють просуванню ідеалів Організації та її діяльності на низовому рівні.
173 держав-членів мають у своєму розпорядженні постійними представництвами при Організації в Парижі.