Мікроорганізми живуть у всіх природних середовищах і є обов'язковими компонентами будь-якої екологічної системи і біосфери в цілому.
Якісний і кількісний склад мікроорганізмів, які виявляються в грунті, воді, повітрі, на рослинах, харчових продуктах, в організмі людини і тварин, різний.
З'ясування екології мікроорганізмів служить основою для розуміння явищ паразитизму, природно-вогнищевих і зоонозних захворювань, а також для розробки протипаразитичні заходів в боротьбі з різними інфекційними хворобами.
Мікрофлора грунту. Грунт є головним резервуаром і природним місцем існування мікроорганізмів, які беруть участь в процесах формування та очищення грунту, а також кругообігу речовин в природі.
Життєдіяльність мікроорганізмів в грунті, їх якісний і кількісний склад визначається грунтовими умовами: наявністю поживних речовин, вологістю, аерацією, реакцією середовища, температурою і т.д.
Найбільш багата мікрофлора в верхньому горизонті грунту глибиною 2,5-15 см. У цьому шарі протікають основні біохімічні процеси перетворення органічних речовин, обумовлені життєдіяльністю мікроорганізмів. На глибині 4-5 м число мікроорганізмів значно знижується, так як зменшується кількість поживних речовин і погіршуються умови аерації.
У складі мікрофлори грунту виділяють наступні групи мікроорганізмів:
- бактерії амоніфікаторів, що викликають гниття трупів тварин, залишків рослин, розкладання сечовини з утворенням аміаку та інших продуктів.
- нитрифицирующие бактерії: Nitrobacter і Nitrosomonas (Nitrosomonas окислюють аміак до азотистої кислоти, утворюючи нітрити, Nitrobacter перетворюють азотної кислоти в азотну і нітрати);
- азотфиксирующие бактерії: засвоюють з повітря вільний кисень і в процесі своєї життєдіяльності з молекулярного азоту синтезують білки та інші органічні сполуки азоту, які використовуються рослинами;
- бактерії, які беруть участь у кругообігу сірки, заліза, фосфору та інших елементів - серобактерии, железобактерии і т.д. (Серобактерии окислюють сірководень до сірчаної кислоти, железобактерии окислюють з'єднання заліза до гідрату окису заліза, фосфорні бактерії сприяють утворенню легко розчинних сполук фосфору);
- бактерії, що розщеплюють клітковину, що викликають бродіння (молочнокислі, спиртові, маслянокислі, оцтові, протіоновие і ін.).
З виділеннями людини і тварин, з фекально-побутовими стічними водами в грунт можуть потрапляти патогенні і умовно-патогенні мікроорганізми (збудники грибкових захворювань, ботулізму, правця, газової гангрени, сибірської виразки, бруцельозу, лептоспірозу, кишкових інфекцій та ін.).
Мікрофлора води. Вода, як і грунт, є природним місцем існування багатьох мікроорганізмів. Видовий склад мікрофлори води має багато спільного з мікрофлорою грунту. Крім того, у воді живуть різні види вібріонів, спірили, залізо і серобактерии, що світяться бактерії і ін.
Характер мікрофлори води залежить від різних причин. Чим більше вода забруднена органічними сполуками, тим більше мікроорганізмів вона містить. Особливо багато їх у відкритих водоймах і річках поблизу населених пунктів, де вода забруднюється стоками господарських і фекальних нечистот. У міру віддалення від населених пунктів кількість мікроорганізмів поступово зменшується.
Вода морів і океанів заселена мікробами, які пристосувалися до підвищеного вмісту солей, великому тиску води і низькій температурі. У поверхневому шарі придонного мулу міститься особливо багато мікробів, які утворюють на ньому як би плівку. Найбільш чистими є води глибоких артезіанських свердловин і джерел. Води цих джерел можуть бути використані для пиття без попередньої їх обробки і знешкодження.
Вода має велике епідеміологічне значення як фактор передачі інфекції. Водні епідемії різних інфекційних хвороб (холера, черевний тиф, дизентерія, туляремія, лептоспіроз та ін.) Відомі давно. Забруднення води патогенними мікробами зазвичай відбувається через стічні води, при купанні людей і тварин і т. Д. Виживання патогенних мікробів у воді коливається в широких межах в залежності від її якості.
Для попередження передачі патогенних мікробів через воду застосовують заходи санітарної охорони водойм та джерел водопостачання, а також очищення і знешкодження питних і господарських вод.
Мікрофлора повітря. Мікроорганізми в повітрі знаходяться постійно, незважаючи на те, що атмосфера є несприятливим середовищем для їх розмноження, що обумовлено відсутністю поживних речовин і недоліком вологи. Життєдіяльність мікроорганізмів в повітрі забезпечують зважені частинки води, слизу, пилу і т.д.
Атмосферне повітря і повітря закритих приміщень значно різняться за кількісним і якісним складом мікрофлори.
Склад мікрофлори атмосферного повітря залежить від інтенсивності сонячної радіації, вітру, метеоопадів, покриву грунту, щільності населення і ін. Найменше мікробів в повітрі над лісами, морями, снігами. Більше доводиться на шари повітря, розташовані над промисловими містами. В атмосферному повітрі знаходяться спори грибів, актиноміцетів, бацил, дріжджі, мікрококи, сарціни, стафілококи ін.
Обсемененность мікроорганізмами повітря закритих приміщень перевищує бактеріальну забрудненість атмосферного повітря. Особливо велике число мікроорганізмів в багатолюдних громадських приміщеннях. Повітря закритих приміщень містить в основному мікрофлору дихальних шляхів і шкіри людини, багато представників якої здатні переживати в повітрі протягом часу, достатнього для інфікування людей.
Мікроорганізми, що знаходяться в повітряному середовищі, можуть стати причиною різних інфекційних захворювань - грипу, ангіни, кору, скарлатини та ін.
Мікрофлора харчових продуктів. Багато харчових продуктів є сприятливим середовищем не тільки для збереження, а й для розмноження мікроорганізмів.
Всю мікрофлору харчових продуктів умовно ділять на специфічну і неспецифічну.
До специфічної мікрофлори відносяться штами мікроорганізмів, що застосовуються в процесі технологічного виробництва продуктів харчування (молочнокислі продукти, хлібні вироби, пиво, вина і ін).
До неспецифічної мікрофлори відноситься випадкова мікрофлора, що потрапляє в харчові продукти при їх заготівлі, доставці, переробці і зберіганні. Джерелом цих мікробів може бути сировина, повітря, вода, обладнання, тварини, людина.
Інфікування харчових продуктів мікроорганізмами може призводити до виникнення у людей харчових токсикоінфекцій і ін. Захворювань.