Здавалося б як просто: функціональний аспект - це фонологія. а не функціональний - фонетика. Якось так.
На жаль, особисто ми не можемо знайти не те щоб достатніх, а взагалі ніяких підстав для розмежування між названими розділами мовознавства. Так, з точки зору Московської фонологічної школи «Фонема - мовна одиниця, представлена поруч позиційно чергуються звуків», тобто в цьому випадку в якийсь фонетичної позиції фонема делегує свої повноваження (виконання своїх функцій) якогось конкретного звуку мови. При цьому просто безглуздо говорити, що звук мови - це не функціональна одиниця! Але, якщо не звуки мови. то що ж повинна вивчати фонетика?
І це при тому, що лінгвісти так і не привели теорію до спільного знаменника, тобто не дали чіткої відповіді на питання: у вигляді чого ж існує фонема? А тому для нас просто незбагненно, яким чином можна вивчати функцію (функціональний аспект), відірвавши її (цю функцію) від субстанції, тобто від носія тієї самої функції (субстанціальний аспект). (Дещо детальніше в розділі До питання про мовну систему).
Особисто для нас відміну названих вище розділів мовознавства зводиться до того, що фонологія є принципово новим рівнем розвитку все тієї ж фонетики. А тому відмінність між ними приблизно таке ж, як відмінність між алхімією (фонетика) і хімією (фонологія).
Хоча, чесно кажучи, сучасний стан фонології дуже і дуже схожий на ту саму алхімію: практично кожен теоретик в ній хімічити по-своєму.