Надія, я не експерт жодного разу, поділюся особистим досвідом. Все, напевно стикалися з дикою порослю від вишні. Так ось, коли ми спиляли у себе стару вишню, то чоловік в її пеньку довгим свердлом насверліл багато глибоких отворів. Ми туди засипали цілий пакетик сечовини, пролили в дірочки трохи води. Закрили пеньок чорним пакетом, щільно закріпили, я ще зверху поклала одну тротуарну пліточку (вона важка). Минуло вже два роки - поросли немає зовсім. Коли саджу квіти в тому краю і натикаюся на корінь, то стала помічати, що на другий рік залишилися коріння стали м'якими і легко видаляються просто руками. Рослини навколо відчувають себе прекрасно, роблю висновок, що сечовина, насипана в сам пень НЕ завдала особливої шкоди грунті навколо нього.
Однозначно, культуру з культури не саджають: накопичуються шкідники, хвороби, кореневі виділення, грунт виснажується. Навіть якщо вирити яму і заповнити її нової грунтом. Чи не будете ж рити котлован - адже коріння саджанця дуже швидко освоять відведену вами невелику територію і в пошуках вологи і харчування почнуть рости в усі сторони і в глибину. Припустимо, що яма величезна, новий грунт в ній буде рихлим і почне стрімко осідати, затягуючи яблуню - ось вам і заглиблення кореневої шийки! Так що краще пошукайте саджанця інше місце. А пень можна прибрати, хоча б тим способом, який порекомендувала Світлана. Через 2-3 роки від нього нічого не залишиться. А корчування - занадто трудомістка річ, та й утворену яму треба буде потім засипати.